新竹水仙宮建於清同治年間，原供奉在新竹長和宮後殿，清同治年間竹塹城眾郊戶因感廟宇不敷使用，因此決議於長和宮左側新建水仙宮，歷時3年竣工。此時長和宮與水仙宮，共同成為新竹地區商戶之間討論商況與議事的地方。水仙宮興建期間，新竹各大家族紛紛任職董事、主事等職，一起出錢出力參與興建。
清代期間，新竹地區的貿易與竹塹港有著密不可分的關係，水仙宮奉祀主神水仙尊王，和同為海上守護神的媽祖成為新竹各行各業之間的共同信仰，也造就廟宇中有許多珍貴之文物，是來到新竹時值得參訪的歷史名勝。
新竹水仙宮與鄰近的長和宮同為新竹大廟之一，水仙宮奉祀主神為水仙尊王，原供奉在長和宮後殿，在清同治2年(西元1863年)塹郊眾等，一起決議在長和宮廟東的老抽分會之地興建水仙宮。此次興建由新竹林家的林福祥(生卒年不詳)擔任主事，鄭家的鄭用鑑（西元1789-1867年）擔任總理。3年後清同治5年(西元1866年)，水仙宮廟宇竣工落成，水仙尊王由長和宮後殿迎請至新廟奉祀，成為媽祖廟與水仙宮並存的廟宇。
水仙宮廟址在北門街上，其街道為清代竹塹港與竹塹城北門的主要通道，連接起港口與市區之間的貿易網絡，因此該街道有許多商家林立。此外，廟左側鄰近開臺進士鄭用錫（西元1788-1858年）的故居進士第、鄭氏家廟。
清代時，臺灣對外貿易皆需依賴船舶作貨物運輸，因此護佑航海平安的水仙尊王也是眾商戶的信仰之一，這也是水仙宮由新竹眾郊商倡議興建的原因之一，該廟與長和宮共同為新竹塹郊議事之地。
民國69年(西元1980年)，長和宮水仙宮增建文昌殿，同年落成，迎奉文昌帝君安座；民國75年(西元1986年)，將文昌帝君迎請至水仙宮正殿虎邊供奉；民國86年(西元1997年)，該廟再次修復，此次修復中聘請彩繪大師潘岳雄(西元1943年-？年)，前來參與修復工程，並於這次修復中，在龍邊增建神龕供奉關聖帝君。民國92年(西元2003年)，再度整修，民國98年(西元2009年)，廟後方新建文教大樓，成為該廟重要的文化場所。
新竹水仙宮與長和宮百年來護佑新竹地區的各行各業，在北門大街見證了竹塹城的風華，廟中的建築以及許多文物都是新竹的文化瑰寶。
水仙宮又稱水仙王宮，新竹水仙宮為兩殿三開間建築，比鄰「外媽祖廟」長和宮，水仙宮主祀神為海上守護神的水仙尊王，兩側供奉文昌帝君及關聖帝君。一般來說這些歷史上或神話上的人物，會成為「水仙王」大部分是因為生前和「水」產生了各式各樣的關係，而各地供奉的水仙尊王有所不同，例如︰在臺灣主要流傳的「水仙王」即是「一帝、二王、二大夫」的說法，也就是禹帝（大禹）、奡王（寒奡，寒浞之子）、楚王（項羽）、伍大夫（伍子胥）、屈大夫（屈原）等五位。
水仙宮的三川殿為硬山式建築，屋脊上有許多精緻剪黏作品，中脊以雙龍朝珠，兩側則是鰲、魚。在明間簷柱部分，不同以往大家常見的龍柱，而是以方形石柱上題楹聯一對，楹聯內容是褒揚水仙尊王的功績。兩側牆堵則是以龍、虎為題製作成交趾陶；正門牆堵的設計為上面木雕窗花，搭配下方石雕麒麟裙堵呈現；正門前方則有石鼓一對。
進入廟中，可以看到彩繪大師潘岳雄所繪製的門神，沿著兩側迴廊可至正殿。正殿屋架以兩通三瓜呈現，四點金柱上刻有楹聯。神龕部分有水仙尊王、文昌帝君、關聖帝君，兩側皆有精美的木雕窗花、天灣罩等，神龕上也有書寫對聯，上方的樑、斗拱等繪有許多各式主題的彩繪作品。
水仙宮除了有這些建築工藝品外，廟中的古匾也是值得觀賞。三川殿上有清道光15年(西元1835年)水郊眾弟子所敬獻的「萬世永賴」。正殿神龕上有「盛德在水」匾，為清同治3年(西元1864年)由竹塹城眾董事所敬獻。這時候為水仙宮興建期間，此匾見證了當時歷史。
「萬世永賴」匾，為清道光年間由水郊弟子敬獻，從此得知水仙宮與在地郊商的連結。
「盛德在水」匾額，由清同治年間竹塹城眾董事所敬獻。
水仙宮主祀神為海上守護神的水仙尊王，兩側供奉文昌帝君及關聖帝君。
正殿龍邊於民國86年(西元1997年)增建神龕，奉祀關聖帝君。
民國69年(西元1980年)增建文昌殿，後來將文昌帝君迎請至水仙宮正殿虎邊供奉。
三川殿門外虎邊牆堵的交趾陶，下方有洗石子裙堵，上面還有木雕和彩繪。