本寺為彰化縣三大名岩之最早建造者，具有重要之歷史價值，為閩南式合院，正殿屋頂為燕尾脊樑飛龍雕鳳，內殿裡二通三瓜式，為現存罕見之傳統建築木造結構。
創建於清雍正6年（西元1728年），最早僅由工寮所改建的草庵，在清乾隆10年（西元1745年）時奉祀釋迦牟尼及南海觀世音菩薩，後因信徒眾多香火鼎盛，經募款後建竹寺，之後於清乾隆23年（西元1758年）由泉州僧侶覺通和尚與當地仕紳重新修建寺宇。
清水岩過去曾多次移址，直至清嘉慶年間才建於現址，從清雍正年間以來即為八卦山脈地區主要信仰中心之一，與虎山岩、碧山岩合稱中部三大名岩。因地出泉水、風光明媚而同時擁有「清水春光」的美名，更是著名的彰化八景之一，此外清水岩寺裡有許多當時文人騷客所留下的題詩，和達官貴人所題匾額，為寺內增添許多文學涵養。
清水岩最初僅是一工寮所改建之草庵，創建於清雍正6年（西元1728年），在清乾隆10年（西元1745年）時經信徒募款建竹寺，初建廟宇時是在武東堡社頭莊許厝寮187番地，即是目前所在地的上方山坡地，其位於大武郡山的曲處，在當時是往來南投的「十八彎古道」亦為當時所稱的「挑鹽古道」上。
清乾隆23年（西元1758年），由泉州僧侶覺通和尚（生卒年不詳）與當地仕紳重新修建廟宇，除了供奉釋迦牟尼及南海觀世音菩薩外，還有阿彌陀佛、藥師琉璃光佛兩位神祇，代表佛法裡的「佛、法、僧」三寶佛。清嘉慶4年（西元1799年）遷寺於現址，同時另增建三間瓦棟及二廊，且增加奉祀十八羅漢，此時稱為「清水觀音亭」。
目前所看到的主體是清光緒5年（西元1879年），由住持邀集鄉里仕紳，拆除本體後重修的，經歷5年完成修復後，由當時清水岩住持欲標禪師（生卒年不詳）敬立「清水春光」匾額，正殿供奉藥師琉璃佛、釋迦牟尼佛及阿彌陀佛、觀世音菩薩與地藏王菩薩，而神龕兩側為供奉清水祖師、註生娘娘。
清水岩雖然經過多次修建，但因歲月侵蝕仍見傾頹，所以在日大正7年（西元1918年）再次整修，這次的整修是增長護龍、增設左右過水門及圍塑日月兩座天井，於是完成清水岩主要的二殿二廊二護龍三院的格局。清水岩於民國64年（西元1975年）被內政部列入縣定古蹟，但因民國73-75年（西元1984-1986年）的改建工程，使原有的清水岩樣貌改變，故在民國76年（西元1987年）取消古蹟資格，直到民國92年（西元2003年）再次被彰化縣政府指定為縣定古蹟。
清水岩與虎山岩、碧山巖同為臺灣中部三大名岩，廟體本身不似其他傳統大廟，而是面寬僅有三開間，進深只有二落一院的拜庭之傳統建築，但廟體本身正殿屋頂為燕尾脊樑，有飛龍雕鳳剪黏，內殿為二通三瓜木棟架形式，均為現存罕見的傳統建築木造結構。
清水岩經過多次改建，其本身的建築風格也依照各時期有所不同，因此產生了多元混合的樣貌，廟宇內空間格局由三川殿與正殿所組成，縱橫兩條主要軸線，以縱軸線為主軸，為二進一院落的主要空間。正殿與三川殿的土埆牆形成祭祀場所，以中間天井做為採光通風的用途，天井兩側則用簷廊連接正殿與三川殿。民國73年（西元1984年）又以正殿為準，向前延伸，在縱軸線上加建拜亭，做為香客參拜場所；橫軸線上，以正殿向兩側延伸，添加護龍，均以過水廊與正殿相通，本身另有獨立的進出口，位於左側為日井（或稱龍井），位於右側則為月井（或稱虎井）。而廟門上的「清水岩」字匾則為官賜紅底的「清水岩雙龍抱珠、火形圖記」匾額。
清水岩內有一座「滴水清心」古碑，為日大正9年（西元1920年）所立，記載砌井築渠引山泉及重修的典故，明訂清水岩與龍泉廟共用水源、分配時間，勒石以垂永久，並杜絕紛爭。清水岩因本身的自然景觀等原因，自清代以來，即是許多文人墨客造訪之處，使清水岩具有豐富的人文資源，吸引眾多遊客前往參拜；又因清水岩在佛、道、民間信仰位階為「岩仔」，正統的佛教位階在功能與其他廟宇有分工作用，信眾的大力相挺及社區意識之發展，使得清水岩不僅是地方的信仰中心，同樣也具有古蹟歷史與文化教育之場所。
清水岩寺的廟體雖不似其他傳統大廟，但廟體正殿屋頂為燕尾脊樑，有飛龍雕鳳剪黏，非常細緻，為現存罕見之傳統建築木造結構。
這是甘露泉牌樓。日本時代臺灣三大名泉（分別為陽明山長壽泉、清水岩甘露泉、知本美人泉），廟方引水設井供信眾取用。
清光緒10年（西元1884年） 「清水春光」匾額，為落成修復後，由住持欲標禪師（生卒年不詳）所立。
清乾隆33年（西元1768年）「南海慈航」匾額，該題詞為民間形容南海觀世音菩薩慈悲常見之用語。
自漳州派大木師傅之手，製作二通三瓜的傳統建築木造結構。
日大正9年（西元1920年）重修竣工落成所立「重修清水岩寺碑記」石碑，說明建廟始末及重修捐題姓名與金額，永垂紀念。
日大正9年（西元1920年）清水岩寺所立「滴水清心」石碑，內容說明砌井築渠以引山泉的典故，明訂該寺與龍泉廟共用水源。
懸掛於正殿的各式清代楹聯，最早一對可追溯至清嘉慶5年（西元1800年）之「清水源流通南海，岩山聳翠賽普陀」。