清康熙35年(公元1696年)，澎湖右營遊擊薛奎(967-1034)創建觀音亭，主祀觀音菩薩。自建亭之後，也歷經多次整修，曾於清乾隆29年(公元1764)年、乾隆46年(公元1781年)、嘉慶10年(公元1805年)修建廟內風化毀損處，並未對主體進行重大整建。
馬公觀音亭為佛教廟宇，內主祀觀音菩薩，配祀十八羅漢金身，另奉祀龍王、福德正神等神祀。
清道光6年(公元1826年)，時任通判蔣鏞(生卒年不詳)有感澎湖地區依海為生，倡建龍王祠保佑海象穩定平安，又因觀音亭面海，選擇拆除東邊舊廂房，於此建立龍王祠，造就了佛教寺廟中，另供奉道教神祀的狀況。
清光緒11年(公元1885年)戰後觀音亭經地方仕紳捐獻而重建，清光緒17年(公元1891年)澎湖總兵吳宏洛(1843-1897)捐資整修，不久後光緒20年(公元1894年)甲午戰爭爆發，觀音亭再次受到戰火影響毀損，直至日治昭和2年(公元1927年)地方仕紳募資再次重建觀音亭，增建福德祠，並於南側放生池上建造涼亭。
民國38年(公元1949年)，先後興建海豚亭與休閒海堤，加上海域內原本的潔白沙灘，觀音亭從原本的宗教聖地轉型而成「觀音亭休閒園區」，增添休閒遊憩功能。近年來在政府與民間共同的努力下，將前方海域整理成為風帆訓練中心，更是臺灣少數國際認可的風帆比賽場地，搭建的西瀛虹橋讓地方民眾有了休閒之地，近年澎湖所舉辦的花火節也於此地施放煙火。
民國46年(公元1957年)，廟貌年久失修，樑柱受白蟻侵蝕嚴重，地方發起整修募款，修繕觀音亭致使得以保存，也是現今所見之外觀，現為澎湖縣定古蹟。民國92年(公元2003年)政府撥款整修，並於民國95年(公元2006年)完成古蹟修復工程。
觀音亭歷經300年的歷史，靜靜座落在觀音亭休閒園區內，與天后宮、水仙宮、城隍廟並稱澎湖四大廟，靜靜的守護澎湖這塊土地，見證數百年來澎湖的發展史。
馬公觀音亭雖經歷多次整建整修，但現存的廟貌仍舊保存最初的閩南式傳統建築風格，反映出了澎湖當地最初移民者的省籍，整體建築造成古樸莊嚴，為典型的佛教廟宇。
今日觀音亭的建築格局，主要由馬公後窟潭謝江(生卒年不詳)、謝自南(1908-1990) 地方仕紳父子於昭和2年（1927）所主建的。建築體面闊五開間，進深兩進，形制及規模較澎湖地區其他廟宇都來得大些，建物占地約255.7平方公尺，呈正方形，面寬32.7公尺，縱深26.6公尺，屬山門雙護龍帶天井、拜亭的格局。正殿兩側過水廊連結龍王殿、養慈殿2翼室，兩進間有穿廊及天井連接，其中穿廊融合了迴廊與護龍的多重意像，其上置鐘鼓樓，為臺灣廟宇建築中少見工法。
正殿中有2座泉井，被當地人稱為澎湖第1泉。二進式的建築中，在穿廊的樓上，設置1座六角形鐘鼓樓，為昭和4年(公元1929年)地方仕紳薛佛然、王步程(生卒年不詳)所捐獻，型制特殊少見。門前矗立1對石獅，造相莊嚴肅穆，為清光緒13年(公元1889年)建造，原本設置在澎湖廳通判衙前作為驅邪鎮煞之用，日治昭和10年(公元1935年)新廳舍落成、舊衙署拆除時，此對石獅移至觀音亭置放，此對石獅用材並非石頭，也不是水泥，而是以石灰、糯米漿、黑糖水製成，建造至今超過百年歷史，依然完整未崩壞，是臺灣地區極為稀少的石獅用材。
觀音亭雖然建於康熙年間，歷時久遠，但屢受戰火波及而導致建築文物受到破壞，清朝時期的遺物已不多。最嚴重的1次為清光緒10年(公元1884年)中法戰爭時期，法軍入侵澎湖，不但廟宇被法軍所毀主體建築毀損嚴重，廟中所存珍貴歷史文物也被法軍洗劫一空，是觀音亭文物最重大的損失，連十八羅漢金身與鐘鼓也失竊，僅留下3面完整的匾額「大慈悲」、「慈行普渡」及「薄海蒙庥」存於廟中，見證觀音亭的歷史。重建後又受到光緒20年(公元1894年)甲午戰爭影響，廟宇再次受到破壞，也因此今日的馬公觀音亭，主要保存的是日治時期重修後所奠定下來的樣貌。
馬公觀音亭內除祀奉佛教主神外，另配祀道教的神祇龍王與福德正神，可看出澎湖靠海維生的生活型態。
民國46年(公元1957年)，廟貌年久失修，樑柱受白蟻侵蝕嚴重，地方發起整修募款，修繕觀音亭致使得以保存，也是現今所見之外觀。
廟宇門前矗立1對淡色石獅，為清光緒13年(公元1889年)建造，此石獅是以石灰、糯米漿、黑糖水製成，是臺灣地區極為稀少的石獅用材。