因海印寺目前為縣定古蹟，考量週遭環境與地景的協調，建議列入歷史建築或與海印寺同劃定為縣定古蹟範圍內。
海印寺又稱太武巖寺，建於宋度宗咸淳年間(公元1265至1274年)，當時主祀通遠仙翁。通遠仙翁原為泉州永春樂山一帶的信仰，又稱白鬚公、通遠王或樂山王。關於通遠仙翁的生事及姓名今已不可考，或說是唐高宗時來永春避難的四川進士李元溥(生卒年不詳)，或說是北宋初年人士，隱居於永春樂山，因其外型又被稱為白鬚公，他常常頭戴花草，攜帶葫蘆在村市之間邊走邊唱著：「好酒喫三杯，好花插一支，思量古今是，安樂是便宜」。而後相傳羽化成仙，被奉為山神。至北宋嘉祐3年(公元1060年)時逢大旱，郡守蔡忠惠(1012-1067)為泉州守時，因為向通遠仙翁祈雨有驗，而請封為善利王，並加封廣福顯濟，而後因屢次祈雨均靈驗而不斷加封。北宋末年，通遠仙翁已由原樂山地區的山神轉變成能穿說於驚滔駭浪之中，保佑漁船平安的海神，又至南宋淳祐年間後，泉州多處村落均開始立廟祭祀通遠仙翁，此時原屬於永春地區的地方信仰開始普及於泉州各個地區。
金門太武山之所以建祠奉祀通遠仙翁，除了泉州地緣信仰關係的影響外，今相傳主要有2個原因：首先有神蹟玉笏從天而降，居民遂開始興建寺廟，奉祀當時泉屬各邑普遍信仰的通遠仙翁。根據《同安縣誌》。記載，在宋朝咸淳年間，即有居民面祠堂祭拜，祠西有倒影塔，每到夜晚其燈火就能為漁民指引方向，祈求風雨也特別地靈驗。而後至萬曆年間，同安縣有賊犯越獄而逃，知縣金枝作夢時，夢到自己登太武山遇到神民顯靈指示賊犯藏身之處；知縣醒後遂渡海至金門祈求禱告，而後按照夢諭果真順利抓到犯人，因此捐助金錢於明萬曆8年(公元1580年)修建寺廟，又於萬曆28年(公元1600年)2度重修，呈現今規模。
其後由於祠宇中的廟眾，於夜間見到觀音菩薩現身於其間，乃改奉祀觀音佛像，海印寺也就變成1座主祀佛像的佛寺，根據寺方所撰的《海印寺源考》，最晚在永曆15年(公元1661年)的重修時，海印寺便已成為一佛寺，並更名為今之「海印寺」。
海印寺現為金門地區的佛教聖地，內供奉近上百年歷史的觀世音佛像及十八羅漢，平日遊客登山參訪禮佛，一方面強身，一方面遊歷名勝古蹟。海印寺原始佈局與現況大致相同，建築群配合山谷地形興建，由前向後依序為鼓樓、方池、拜亭、大殿、後殿、側室與石室，占地雖小卻十分工整。由於海印寺在八二三炮戰時嚴重毀損，現今所見的建物主要為民國49年(公元1960年)後修建而成，因此除了部分臺基、柱體、牆體仍保留石材和木材外，多數構件已採用鋼筋混泥土建造。
鐘鼓樓分別為「龍樓」與「鳳閣」，乃於民國78年(公元1969年)所新建，平面近方形，採單檐歇山頂(歇山頂即為歇山式屋頂，此類型屋頂共有9條屋脊，分別是正脊、4條垂脊和4條戧脊，因此又稱九脊頂。由於其正脊兩端到屋檐處中間有折角，分為垂脊和戧脊，好像「歇」了一歇，故名歇山頂。歇山頂結合了直線和斜線，在視覺效果上給人以稜角分明、結構清晰的感覺)。
位於拜殿之前的方池，稱「醮月池」，呈長方形，四周石欄圍繞，水質清淨。而大殿與拜亭相連，可歸類為「殿前帶軒」的形式。拜殿的棟架使用「六架捲棚」，屋頂則採歇山單檐，不作燕尾脊，出八字規，不做吊桶，整體形勢簡潔。
正殿供奉觀世音，建築為面寬3開間，進深4間的形制。屋頂為坡度平緩的兩坡硬山頂(硬山頂即為硬山式屋頂，由1條正脊和4條垂脊組成。和懸山頂不同，硬山頂最大的特色就是兩側山牆將檁頭全部包封住，使得屋檐不出山牆，故名硬山。硬山頂擅防風，因此沿海或如金門等海島地區多使用硬山頂)。正殿後牆則是左右雙門，可達後殿大雄寶殿及古石室。
後殿大雄寶殿平面近方形，面寬3間，殿內只有2根後金柱，前面闢1門，與古制大雄寶殿先去甚遠。屋頂為歇山式，但前後屋坡又加1圈單坡頂屋面，看起來類似斷折，外型則像重簷。牆體則皆為石條砌成，外觀樸實。而後山的「古石室」，它利用巨岩之石洞略加修整而成，形制頗奇特。
海印寺最著名的安心石，位於大雄寶殿下方，相傳以左手摸心，右手摸石，默念3聲「南無大慈大悲觀世音菩薩」，可以平靜心靈。
海印寺最著名的安心石，位於大雄寶殿下方，相傳以左手摸心，右手摸石，默念3聲「南無大慈大悲觀世音菩薩」，可以平靜心靈。
鐘鼓樓分別為「龍樓」與「鳳閣」，乃於民國58年(公元1969年)所新建，平面近方形，採單檐歇山頂。
現今所見的建物主要為民國49年(公元1960年)後修建而成，因此除了部分臺基、柱體、牆體仍保留石材和木材外，多數構件已採用鋼筋混泥土建造。