依「文化資產保存法」,確認其有具歷史、文化、藝術價值及具其他古蹟價值,由臺北市政府指定為直轄市定古蹟。
艋舺清水巖祖師廟俗稱祖師廟,奉祀清水祖師陳昭應,廟中神像為福建安溪移民自福建原籍的清水本巖分靈而來。安溪移民們公推翁有來(生卒年不詳)為董事,募得30,000銀元,於清乾隆52年(公元1787年)起造廟宇,乾隆55年(公元1790年)落成。
嘉慶22年(公元1817年)6月,艋舺清水巖受強烈風雨侵襲而廟宇有毀損,信眾中的聞人翁有來於是又向鄉人募捐5,000銀元重修。此次重修後一直維持到咸豐3年(西元1853年),祖師廟於「頂下郊拼」時毀於戰火。
清代當時艋舺地區主要為泉州移民,又分為泉州府三邑人(晉江、惠安、南安3地)、同安人、安溪人。分別以艋舺龍山寺、一同安商戶家中霞海城隍、艋舺清水巖祖師廟為中心聚集居住。三邑人聚集之處稱頂郊;同安人聚居之地稱下郊。安溪人居住處在二者之間。艋舺因淡水河運之便利逐漸發展、繁榮。三邑人與同安人之間由於碼頭商船課稅、道路闢建、巡更等利益衝突,信仰又不相同,摩擦越來越多,嫌隙越來越深。清咸豐3年(公元1853年)8月,在歷史、商業、信仰上積怨已久三邑與同安人終於爆發衝突,演變為後稱為「頂下郊拼」的流血械鬥。在相爭之中,頂郊的三邑人燒毀介於兩者之間的艋舺清水巖祖師廟。
此次械鬥事件以同安人聚落的房屋被燒毀、倖存的同安人往北遷徙收場。三邑人勢力更加龐大。逢此浩劫祖師廟廟方只好自力向安溪移民募款重建。至同治6年(公元1867年)方重建完成。祖師廟原有三殿,現只餘兩殿,在頂下郊拼鬥時燒毀的後殿迄今未重建。
清水祖師為安溪人的守護神,早期臺北盆地周圍田地多為安溪移民所開拓。關於清水祖師傳說甚多,據說每逢天災巨變前,其神像鼻子便會掉落以作為警告,因此又有「落鼻祖師」尊稱。這樣鼻子掉落的神蹟據說在艋舺清水巖祖師廟屢次出現,而且從以前一直延續至現代。在中國大陸福建安溪祖廟,只有記載神像鼻子曾被刀割斷後人們取而黏回,並無相關神蹟顯靈記錄,因此推測此「落鼻示警」為臺灣的清水祖師信仰獨有,且由艋舺祖師廟開始的。
清末中法戰爭,法軍侵犯淡水,臺北情勢危急,民間傳說是因為迎請清水祖師助陣,才使法軍方敗於淡水,因此香火更加興盛。不過淡水信徒卻認為神像原屬於淡水,是後來才寄放在艋舺的。由於有艋舺、淡水兩派信徒紛爭,傳說從此時才開始祖師神像由艋舺與淡水輪流供奉的協議,單月供奉於艋舺而雙月供奉於淡水。於日治時期,甚至產生淡水祖師廟與艋舺祖師廟兩方信徒爭搶落鼻祖師神像,而對簿公堂的情況。當時的紀錄顯示,雙方各奉祀該尊神像半年,而在大正年間,淡水的信徒一方同意該尊神像長久安置於艋舺祖師廟。不過,依祖師廟所提供的同治年間史料,可以發現同治6年(公元1867年),有奉祀人劉存(生卒年不詳)等人捐助佛銀貳百大圓,想要協助遭火災的艋舺祖師廟進行重建工程,並提及「祖師公艋淡一體」。這顯示同治時期淡水、艋舺祖師公即為2地輪流奉祀,而非因光緒年間中法戰爭才將祖師公迎往淡水助陣。
艋舺清水巖在日治初期的明治29年(公元1896年)被臺灣總督府充做為總督府國語學校的附屬學校,臺北州立第二高級中學後來也在大正11年(公元1922年)於清水巖址草創,即今成功中學前身,在教育史上亦有重大意義。
經歷戰亂、械鬥、艋舺清水巖祖師廟在此見證了臺北地區的族群融合與歷史發展,穿越時代的風雨,至今依然為艋舺地區泉州安溪人的信仰中心。近年廟內也進行整修,以保存維護這座深富歷史價值之古蹟。
艋舺清水巖祖師廟為1座受道教、臺灣民間信仰影響極多的佛教廟宇。除主祀宋代高僧清水祖師外,並配祀天上聖母媽祖、關帝君、文昌君、地藏菩薩、魁星及福德正神等眾神祇,與艋舺龍山寺和大龍峒保安宮合稱為臺北三大廟門。
清水巖廟體座東朝西,原有三殿但後殿已倒塌,現存為兩進兩廊兩護龍的建築形制,同時中軸主體建築面寬三間,因此此種形式又稱為「七包三」。兩殿間以左右廊相連共同圍住中庭,兩側護龍與中軸建築以過水廊相接,為臺灣中型寺廟典型格局。現存各殿棟架都是同治6年(公元1867年)重建時所奠定,大木構造都有保存下來,唯曾經多次重新油漆彩繪。三川殿為兩坡「硬山式」屬廳堂結構形式,坡度相較其他同年代之古建築來得緩,兩廊棟架為捲棚式,同一般臺灣清代寺廟作法。建築藝術方面,前殿為廖石成(1899- 1984)所建,採「二通三瓜」的棟架,檐口下的木雕由知名木匠黃龜理(1903-1995)執刀;正殿是由郭塔(生卒年不詳)所設計,正殿大木作採三通五瓜,雀替雕飛魚,拜殿兩邊棟架各有1對獅座,山牆有螃蟹座,稱為「二甲傳臚」,即求取功名之意。彩繪主要是由洪寶真(1898-?)所繪製,亦有部分彩繪出自臺南繪師陳玉峰(1900-1964)之手。交趾陶是名匠師陳天乞(1906-1990)的作品,前殿脊上以「雙龍搶珠」剪黏裝飾,西施縫裝飾「琴、棋、書、畫」剪黏,脊肚則裝飾「八仙座騎」。入口檐廊四處都刻有豐富的石雕,上面皆保有嘉慶及同治年間的落款。廟埕原應為開闊廣場,遭違建長期占用,僅留1條狹長通道,儘管如此,建築整體仍呈現清代中葉臺灣廟宇渾厚樸拙特色與藝術水準,是臺北唯一能夠保存咸豐、同治年間建築原貌迄今者。
中法戰爭為清末少有成功擊退外敵的戰役,關於這個戰役,當時臺北盆地人口聚集的艋舺地區兩大廟宇,艋舺龍山寺與艋舺清水巖祖師廟,都有相關保佑戰事順利的事蹟流傳後世。正殿所懸掛的「功資拯濟」匾額,正點明了這個事蹟。這個匾額是清德宗光緒10年(公元1884年)因清法戰爭淡水傳出勝利的消息,皇帝所御筆賜予的。之後建成的淡水祖師廟,正殿也掛有「功資拯濟」匾額的複製品。直至今日,清水祖師的神像,仍然持續著農曆單月奉祀於艋舺祖師廟、雙月奉祀於淡水祖師廟的方式,每月輪流。
另外,重要慶典方面,艋舺清水巖祖師廟身為臺灣北部三大祖師廟之一(另有淡水祖師廟與三峽祖師廟),不同於福建安溪的祖師公信仰的,就是祖師公每年皆安排定期出巡,且進駐民間。在出巡之時所在地的聚落出盡表演藝陣遊街,家戶擺設香案拜拜。這種盛況也是在臺灣的清水祖師信仰群體間獨有。因艋舺清水巖祖師廟與淡水祖師廟所供奉的祖師神像為同一尊,而淡水祖師廟固定於農曆5月舉行繞境出巡,因此農曆5月神像仍會留在淡水廟中。
正殿所懸掛的「功資拯濟」匾額,是因清法戰爭時迎請清水祖師助陣,最終淡水傳出勝利的消息後,皇帝所御筆賜予的。
艋舺清水巖祖師現存為三開間兩進兩廊兩護龍的建築形制,又稱為「七包三」。兩殿間以左右廊相連共同圍住中庭,兩側護龍與中軸建築以過水廊相接,為臺灣中型寺廟典型格局。
關於所祭祀之清水祖師傳說甚多,根據文獻記載,清水祖師又稱麻章上人、蓬萊祖師、烏面祖師、落鼻祖師、清水真人和昭應大師。