慈雲寺坐落於臺北市萬華區，奉祀觀音菩薩、釋迦牟尼與文殊普賢菩薩，屬齋教龍華派的齋堂。龍華派的起源可以追溯至15世紀明朝的「羅教」，其教祖為羅因，著有龍華派最重要的經典「五部六冊」：大略是參雜儒道兩教思想，解釋佛教金剛般若波羅蜜經。而龍華派傳入臺灣約莫是康熙末年、十祖陳普月主導的時期。陳普月在福建觀音埔建立「壹是堂」，並派下門生前往臺灣傳教，立下龍華派基礎。
慈雲寺創立於清道光20年(公元1840年)，創立者為智真大師，自浙江舟山群島普陀山恭迎觀音佛祖來臺，在艋舺建立「慈雲佛堂」草庵供奉。依清代《淡水廳志》記載，慈雲寺原建於艋舺街竹巷尾(現今康定路、雅江街一帶)，後來因竹巷尾火災頻傳，燒毀後才遷移到現址。慈雲寺曾歷經多次改建，日治時期明治元年(公元1868年)，齋友陳普慶(本名喜，生卒年不詳)將原本的草庵改建成土造瓦屋。明治31年(公元1898年)因淡水河氾濫，土造齋堂全毀，張普茹堂主(本名加來)募建磚造3廳獻佛殿，殿前圍一庭院。大正13年(公元1924年)，日本政府實施市區改正、堤防道路拓寬的都市計畫，加上當時地勢低矮、水害頻傳，張普茹堂主再度自捐與募款改建為鋼筋水泥紅磚造2樓式齋堂，亦即今日的樣貌。日昭和17年(公元1942年)佛堂更名為慈雲寺，張坤艮為第1代住持。
齋教和佛教並不能直接畫上等號，但齋教自日治中期起，逐漸佛教化；日本政府整肅宗教活動，迫使許多齋堂向日本佛教、或與其關係良好的本土佛教靠攏，或參加地方聯合組織活動以尋求保護。戰後佛教化情形並未改善，舊有的齋堂消失或轉為民宅、佛寺或私廟。近年來，齋教文化重新受到重視，興起保護齋教文化的潮流。儘管數目尚不多，各地區齋堂有逐漸復甦趨勢，也因此慈雲寺於民國89年(公元2000年)受臺北市政府指定為市定古蹟。民國94年(公元2005年)進行9年共7期修復工程。
在建築方面，慈雲寺為少見的街屋式齋堂，包括主堂與齋房，主堂的入口就在騎樓旁，巧妙結合了騎樓住宅與傳統廟堂，這在臺灣相當少見。2樓為大殿，擁有傳統的燕尾脊形式，內部全為傳統的木結構。此外，前方還有陽臺作為前埕、簷廊、以及前步口；簷廊以石柱支撐，柱頭雕飾蓮花並設置石雕之施食臺。正殿供奉觀世音菩薩、釋迦牟尼佛、文殊、普賢菩薩；樓下則為講堂，祭祀彌勒尊佛和九玄七祖，時常舉辦演說講道。
因為慈雲寺是在日治時期都市計畫實施之後才建造的，因而寺前設置的磚栱廊配合了騎樓寬度，有如一拜亭，3個連接的磚栱施工精美。1樓立面為三開間，樓板亦為工字鋼樑。慈雲寺即使在之後經過數次修建，仍保留大正時代鋼筋水泥紅磚造的主體，顯現在當時就相當進步的構造。
慈雲寺內香火並不旺盛，因為其主要作為齋友聚集之處，同時為住持的居所。此外，慈雲寺的外觀比起一般寺廟，更像是民宅。其實，齋教被清朝政府視為邪教，因此齋堂大部份都是齋友私下設立的；許多齋堂都是暫時設立在自宅中，等到達一定人數之後才進一步共創齋堂。
由於齋堂通常是採用民宅的外型，所以空間格局也跟民宅相似。但不論格局如何、不論屬於齋教中哪個派別，主堂都是齋堂中最重要的空間。龍華派齋堂神龕內部俗稱「內家鄉」或「內殿」，主祀觀音佛祖；常見配祀神則有金童、玉女、韋馱爺、關帝爺等。日治時期後受到佛教的影響，主祀神改為釋迦牟尼佛、三寶佛、阿彌陀佛。其它護法使者雖然偶有出現，但整體而言還是以觀音佛祖為主。此外，「內家鄉」通常不允許無關的人士進入，甚至會設立柵欄阻絕。在舉行法會時，還會請出代表3位祖師的3張椅子「三公椅」，形成一個特別的秘密空間。而嘉義以北的龍華派齋堂往往還會有土地公跟城隍爺陪祀。
除了神佛空間之外，左右兩側還有祖先崇拜的神祖空間。龍華派與金幢派相同，在佛祖廳兩側設有祈求具有貢獻之堂主、齋友延年益壽的「祿位廳」，以及供奉歷代齋友、九玄七祖的「七祖廳」，具體展現了祖先崇拜的理念。其他常見的空間還有供舉辦法會的老師或巡查堂內的教務暫居的「護法房」、供皈依入教的齋友居住的「新眾房」、準備供佛用的茶水供品的「敬茶房」。雖然已經閒置不用，在慈雲寺裡仍然可見這些傳統龍華派空間。
圖為1樓講堂，祭祀彌勒尊佛和九玄七祖，並時常舉辦演說講道。
主堂的入口就在騎樓旁，巧妙結合了騎樓住宅與傳統廟堂，這在臺灣相當少見。
慈雲寺2樓為大殿，擁有傳統的燕尾脊形式，而內部全為傳統的木結構。此外，前方還有陽臺作為前埕、簷廊、以及前步口。簷廊以石柱支撐，且柱頭有雕飾蓮花作為裝飾。