報恩堂坐落於現今臺南醫院附近，主祀觀世音菩薩，為齋教先天派的齋堂，即齋教信徒進行法會儀式的教所，也是聚會之所在。齋教主張不出家、不削髮、不著僧衣，過一般市井小民的生活，只須修身養性即可，在臺灣主要有龍華、金幢、先天等3派，其中先天派特色在於主張獨身主義，與其他支派可婚配嫁娶略有不同。初入門皈依齋教先天派者，必須先在佛前拈香祭告，擲筊抽規，驗試誠意，通過後再授以修行要訣。門徒的階級分為8等，初入教者稱為眾生，最高級者稱為師位。
先天派創立於清康熙年間（公元1662年至公元1722年），而傳入臺灣的時間較其他兩派別晚，可回溯至清咸豐11年（公元1861年），由林金祖（亦稱為林金元）指派黃昌成自福建傳入，另有同派李昌晋在嘉義以北傳教。同年，黃昌成於當時府治東安坊右營埔(現今臺南醫院處)興建報恩堂。報恩堂初創時僅為1座簡陋的草庵，並於清同治5年時（公元1866年）進行第1次整修。而後信眾漸增，也為了長遠打算，於光緒12年（公元1886年）集資改建為瓦石構造的齋堂。
日治時期明治29年（公元1896年）時，報恩堂被日本政府徵收並改建成臺南醫院，當時的堂主鄭良謨（生卒年不詳）與信眾便利用約3千日圓（亦有記載2千日圓）的補償費和信徒捐款，拆卸原建材、石木雕，將其遷移改建至未廣町一丁目貳番地，也就是忠義路現址。大正9年（公元1920年）時，報恩堂曾經改建，可惜日治末期時受到盟軍轟炸而受損，到光復後才修復。十數年前報恩堂完成古蹟修復工作，堂貌雖煥然一新，卻與另1間龍華派齋堂德化堂有些相似。重修過程中的儀式，也不再是純粹的先天派儀式，而由德化堂協助進行。因此，報恩堂先天教的傳統可說是已不復存在，只留下臺灣南部第1間先天派齋堂的歷史盛名。
與佛教相比，齋教不強調脫離世俗生活，齋堂成立之初往往直接設於堂主住所處，以方便辦供（共辦佛事）與傳教，加上明清政府嚴令禁止齋教，齋堂需要具備隱匿的性質，因此常與一般民宅無太大差異。臺南報恩堂也不例外，其外型與民家類似，屬於傳統民居建築，而有「臺南最美好的傳統木造建築物」的美稱。相較於一般寺廟，報恩堂僅是1座樸素的木構建築，沒有那麼多的彩繪、雕塑等外在裝飾。此外，齋堂的經濟來源和社群有密不可分的關係，不似佛寺完全依賴廣大信眾捐款以及寺產孳息，而可以避開喧囂的城市；若脫離社群，齋堂經濟就無法維持。又為了方便各階層的信眾聚會，齋堂坐落的地點往往是城鎮或聚落居民集中的地方。報恩堂便是其中1例，除了清幽之外還具備交通便利的優點。
報恩堂建築整體座東朝西，空間格局分前堂、前過水廊、拜亭、正堂、後過水廊、後堂、後廂房，縱深有50幾公尺。正堂左側為功德堂，右側為進主廳；正堂拜亭的左廂為主持的起居室，後堂則是齋友的起居室。
報恩堂入口為形式簡潔，門內為前庭。第一進為前堂，第二進為正堂，供奉觀音佛祖與教祖。前堂的門柱，門檻及門楣皆以泉州白石所製，地面舖石亦鋪有泉州白石並交錯尺磚，前簷是以通樑出挑正拱，明間作穿斗式構架，採六柱五間式，柱頂以束木相牽，而不使用斗拱或雞舌作連接。報恩堂的正堂採敞堂形式，不裝門扇，堂前帶1座捲棚拜亭堂，內有精緻木雕、柱間有八卦月門，而柱邊花罩（樑枋下的面狀木雕）不只作工精細，還可以區別左右廳房，同時區分神龕的內外空間。透過疏密有致，樣式各不相同的花罩，正堂空間可以「區而不隔」，在不失流通性的同時主從分明。此外，神龕供有「觀音古佛」（古佛為先天派對神佛之尊稱），而長案正中間安置1盞燈火，代表先天派最高層次「無生老母」的「老母燈」，燈火終年不熄象徵性命長久。前方則安置與老母燈相應的淨水瓶，對先天教而言，兩者並存象徵「水火既濟」，都一樣神聖。另有安排「陰陽茶水」（左白開水、右茶水），都是先天派的遺風。還有善財與龍女、土地公以及土地婆。第三進為後堂，堂後有院，院後再設供出入的後門，並有牆環繞外圍。
堂內有精緻木雕與八卦月門，而柱邊花罩（樑枋下的面狀木雕）不只作工精細，還可以區別左右廳房，同時區分神龕的內外空間。
正堂採敞堂形式，不裝門扇，神龕中供奉觀音佛祖與教祖。正堂為齋堂中最重要的部分，是整體建築的中心與焦點。
報恩堂入口為形式簡潔，門內為前庭。第一進為前堂，前堂的門柱，門檻及門楣皆以泉州白石所製。