依「文化資產保存法」27條，確認其有具歷史、文化、藝術價值及保存價值，指定為國定古蹟。
鄞山寺創建於清道光2年(公元1822年)，奉祀定光古佛。定光古佛俗名鄭自嚴(924-1015)，相傳為五代宋初時的1名高僧，年82歲圓寂。出家後，曾到過江西省、福建省西邊等地，且為當地除蛟患(蛟為傳說中能發洪水，像龍一類的動物)、收猛虎。逝世之後，汀州城遭賊寇圍攻，相傳他顯靈退敵，於是朝廷賜匾，將庵寺命名為定光院，他被尊為定光佛，成為閩西汀州人的守護神。定光佛受到閩西客家人的普遍崇拜，與兩宋時期皇帝的屢次加封密切相關，也與其生平事蹟和靈驗故事有直接關係。
清朝嘉慶、道光之後(公元1796-1850年)，臺北地區的汀州移民增多，因為接應同鄉的需要，而有建會館及守護廟之議。道光2年(公元1822年)時，鄞山寺由汀州人張鳴崗(生卒年不詳)等捐建，羅可斌(生卒年不詳)捐獻田地，作為鄞山寺的經費。
鄞山寺的正殿、前殿與兩廊可能在道光3年(公元1823年)興工，至道光4年(公元1824年)完成。建成後，鄞山寺一方面是移民的信仰中心，另一方面也作為汀州會館，提供同鄉外出謀生或考試的暫居之所。
道光23年(公元1843年)時，抽換了正殿的點金柱和付點柱。鄞山寺正殿供奉定光古佛，左右兩邊神龕祀觀音和福德正神，是在道光30年(公元1850年)和咸豐8年(公元1858年)分別添設上去的。鄞山寺的左邊護室內，則祀建廟有功的先賢牌位。
鄞山寺建廟初期，隨著廟產規模日益擴大，有關廟產管理的權益問題也逐漸顯露。同治11年(公元1872年)時，發生爭控案，爭控的焦點是廟產問題，最後雖由官府裁示，立碑嚴禁，保護廟產，但仍沒有解決。至光緒18年(公元1892年)，渡往臺北的汀州人甚多，有關利益上的糾紛也屢屢發生，鄞山寺董事等人又一次向官府稟告，要求示禁。鄞山寺從建廟初期到清末，其廟產的管理經歷了一系列演變過程，從建廟初期由渡臺信眾共建廟宇，轉為在臺北的汀州人進行管理
到了日治時期，汀州人來臺數量漸減，鄞山寺的會館功能也逐漸轉淡。二次世界大戰後，鄞山寺成立管理委員會，管理寺產及祭祀事務。民國55年(公元1966年)時，鄞山寺的木結構曾聘工匠重新塗刷油漆與彩繪。民國74年(公元1985年)，鄞山寺經內政部公告為2級古蹟。民國80年(公元1991年)，進行修護工程，於隔年(公元1992年)年底竣工。
臺灣清代定光佛寺有2座，一為位於彰化市的定光庵，另1座便是淡水鄞山寺。清代淡水市街早期所成立的廟宇，主要考量的是保護漁民、船戶的航行安全，後隨著移民日增，為凝聚群體向心力，以祖籍鄉土神為主祀神的寺廟相繼成立。鄞山寺不但是汀州移民的心靈寄託，同時也兼具汀州會館的功能。且鄞山寺初建後，少有變動，連較難保存的屋脊泥塑，都還是道光原物，大體完整保存了道光初年的原貌，是全臺完整僅存的定光佛寺。鄞山寺不僅佐證了汀州人來臺開墾的事實，在臺灣建築史上，也為道光時期的代表作。
鄞山寺座東朝西，以大屯山為靠背，面朝淡水河口，傳說地理風水上為蛤蟆穴，寺前的半月形水池，被稱為蛤蟆的嘴巴，寺後的兩口水井則被喻為蛤蟆的雙眼。鄞山寺地形前低後高，其正殿臺基較中庭高出80公分，顯出正殿之高聳莊嚴，正殿前置御路，上面不做任何雕飾，頗為簡潔，具佛寺之清修精神。寺前有半月池，寺後以石塊堆砌成弧形之坡坎，從空中看整體配置，構成1個橢圓形。此一前低後高、左右對稱，並隱約形成圓形界線的平面格局，與臺灣一般常見的閩式建築大異其趣，更顯示出閩西永定地區民宅的特色。鄞山寺的建築平面是將三川殿、正殿、兩廊皆收納在1組平行的山牆內，山牆外兩側各有長形廂房左右夾護，前後各有出入口，中間又以過水廊與中軸的正殿空間連結，此平面在中國大陸南方的合院建築中用得很廣，幾乎是民宅和家廟的典型平面。鄞山寺的兩側護室，因為兼做會館之用，平面格局較為特殊，是由3組一堂二室和其他房間所組成。
鄞山寺中有著與定光佛有關的裝飾，如三川前廊下對看堵的泥塑，通常一般臺灣寺廟的龍牆虎壁，較少配上人物，但此左牆有1和尚手中抓珠戲龍，右牆則是浮塑1隻大老虎，蹲踞在1手持玉環的和尚旁邊，令人想起定光和尚除蛟、伏虎等故事。
在鄞山寺用柱的系統裡，圓柱最高級，再來是八角柱，接下來才是四角柱。當中正殿龍柱下的八角柱珠最精美，各面浮雕花草及暗八仙，頂面如意紋。其下的磉石凸起覆蓮，亦為少見之作法。
由於羅可斌兄弟的貢獻，鄞山寺有較好的物質基礎，因此他們也一直被視為鄞山寺的有功先賢受到後人紀念。在1990年代以前，鄞山寺左側有羅可斌兄弟之墓，後來遷到廟側右方，另建了墓塔，並在上面加蓋1座羅公亭。
柱子的截面形式以圓形為主，此外，尚有八角形、方形等各種。在鄞山寺用柱的系統裡，三川殿用圓柱，正殿用八角柱，兩廊用方柱。
在龍柱上方內側的橫樑上，可以看到「獅座」。它的作用是承扥拱或小斗等構件，使屋頂的重量傳遞到屋牆或柱子上。
鄞山寺地形前低後高，其正殿臺基較中庭高出80公分，顯出正殿之高聳莊嚴，正殿前置御路，上面不做任何雕飾，頗為簡潔，具佛寺之清修精神。