天后宮正殿上方分別懸掛清光緒皇帝所頒贈的「靈昭誠佑」，及提督張兆連「靈助平蠻」兩塊匾額。其中「靈昭誠佑」為大庄事件平亂後，天后宮建廟時，由張兆連奏請賜匾，相傳當時匾額送抵臺東時，因臺東無港口，船隻皆由成功小港上岸，因小港也有天后宮，運送人員不察誤送至小港天后宮，後來臺東天后宮久候不到匾額，於是再請頒匾額一方。而「靈助平蠻」匾額原為張兆連感謝臺南祀典大天后宮媽祖湧泉助平亂而贈與廟方，民國99年(公元2010年)兩廟為強化交流，因此複製一模一樣的匾額回贈。
位於天后宮廟內的媽祖田石碑已有百年以上歷史，媽祖田來自提督張兆連興建天后宮完成後，為使廟宇能有收入來源、永續經營，因此將位於池上鄉大坡村的義田撥為媽祖田，由佃農交租給天后宮，原始石碑也見證漢人在臺東墾拓的歷史。
臺東天后宮右護室的昭忠祠，原位在埤南廳寶桑東海濱，於光緒7年(公元1881年)由埤南廳南路理番同知袁聞柝，為紀念開發「後山」死難先賢烈士而建，供奉神主牌位，後來因頹圮，光緒19年(公元1893年) 移祠中神主牌於媽祖廟旁奉祀，後再歷經建祠、日治時期皇民化運動拆除，直到日治時期昭和8年(公元1933年)年臺東天后宮遷建現址，一併入新廟副祀。殿內奉祀著文、武將軍，文將軍為清朝時期的海防同知袁聞柝(公元1822年-1884年)，武將軍為當年被暴民包圍的鎮海後軍提督張兆連，因兩人與天后宮關係密切，而被信眾供奉祠內。
臺東縣元宵節的「元宵神明遶境活動」，最早起源於日治時期，因當時環境衛生條件差，疫病連連，臺東天后宮遂以主祀神媽祖，結合海山寺觀世音菩薩、福安宮福德正神、天官堂白佛恩主公和順天宮的蘇府王爺出巡遶境市區，以驅逐邪煞賜福地方信眾，後來演變成地方年度宗教盛事，每年均由臺東天后宮主辦，遶境隊伍均多達70多隊，除了傳統神轎、乩童、七爺八爺、三太子、神將團、八家將、什家將，以及五路財神、宋江陣、龍陣、獅陣、八仙藝陣、高蹺陣、鍾馗藝陣、大鼓陣等陣頭，還有藝閣花車等。