真護宮的王船祭每3年1科(3年舉辦1次)，分別為逢農曆的丑、辰、未、戌「四土」年舉行，時間均在3月上旬前後。流程包括： 一、「桮選主事」：於科年(舉辦年)前1年的8月中旬舉行，「桮選主事」即擲筊選轅門官1人、正副「主會首」10人和其他工作人員、贊助委員等。其中。「轅門官」、正副「五主會首」和「八甲首」為醮祭核心組織成員。 二、「祭活動」：在科年前1年中秋後舉行，轅門官於祭典後開始打理所有祭典儀式與流程。 三、建造王船：時間需在科年前1年的年底前完成。 四、王船出澳：於科年當年的2月初前後，相關儀式在王船造船廠內完成後，王船就停泊在此供信眾膜拜。 五、5朝王醮：於科年2月舉行，為長達5天的祭神儀式。 六、請王云庄：為入醮當日迎請3尊代天巡狩神像遶境。期間必遶巡該科年的「轅門官」所在之庄頭及地方庄廟。 七、送王燒船：時間則在科年 2月底或3月初上午，地點在廟前不遠的空地，王船放滿各項日常用品與食材後由兵將先行，接著代天巡狩用傘護送上船，參與王船祭儀式的轅門官、醮首、會所等人員均穿著清代官服，而王船工作人員也戴清帽著白色長袍，仿若回到清朝時代，以示遵古禮進行。王船啟程送往真護宮外面約2百公尺的「王船地」燒化，在萬人夾道下，往往要超過1小時才能抵達，王船的前方，須沿路灑水，象徵灑下一條水路，供王船前進，最後吉辰一到隨即火化送行，為活動的最高潮。
真護宮廟前船廠內放置一艘永祀檜木王船，長13尺6(4.84公尺)、寬7尺(2.12公尺)，於民國47年(公元1958年)以臺灣檜木打造，王船上安裝有引擎、方向盤和輪子，外觀為仿中國古代戰船樣式，船艏有避邪吉祥物「劍獅」圖騰，船身佈滿彩繪，船上的船艙仿真護宮的縮小版，前祀五府千歲、後祀湄洲天上聖母及普陀山觀音佛祖，此王船供王爺南巡北狩之用，為真護宮鎮殿神物。
火化用的王船造船工作繁瑣，除了請神明坐鎮，從開斧、安龍骨到豎桅都要舉行儀式，因是代天巡狩的神明所搭的船(意謂航行時間會很久)，船內設備琳瑯滿目，從航行、儀仗、文案等必備物，到日常生活用品，也要有起居、梳洗用品和菸、賭具等消遣用品。每次王船建造的規格和樣貌也不同，必須由廟方人員請示神明後，再決定建造方式，但大多為長10公尺、寬3公尺、中桅高10公尺左右規模，外觀仿中國古代戰船樣式，外部加以彩繪，上面則插上王爺令旗和紙糊神明金身，於火化吉辰燒化送王。