西華堂為三開間的三合院寺廟建築，進入山門後，由凹壽形的堂門、正殿與兩側廂房組成，樸實樣貌與臺灣早期農村三合院無異，中央建築主體為堂門兼拜殿，大門特別的設計是雙扇中門兩側，還各開單扇門作為平時出入之用。正殿結構除四點金柱為石柱，其他都是木柱，前、後殿以山牆銜接，中間八卦月門聯通左右廂房，左、右護龍連接偏殿，堂門外還有廣大前埕及花園，山門入口右側有藏經閣。
位於臺南市西華街入口的山門，和一般佛道教廟宇山門風格不同，白牆、紅瓦，裝飾樸實而不繁複。
西華堂於民國64年(公元1975年)進行最後一次整修，並由臺南春源畫室名師潘麗水負責，正殿內所有彩繪，由門神、樑坊、門扇裙堵皆出其手，神龕左右牆堵兩幅木刻壁畫「迦葉付法」及「師子傳法」皆取材自佛教故事。潘麗水對門神的畫作不同於一般的平面彩繪，門神兩大護法及側門哼哈二將，特別講求立體感，並大量使用漸層來表現光影，讓人物變得更加逼真寫實。
在西華堂左廂房右壁旁立有「西華祖堂碑記」，其他還有3塊石碑立於左護龍牆邊，上面刻寫西華堂修建的略史，這些保留了百年以上的光緒年間石碑，見證齋教在臺灣的歷史。
西華堂內老樹成群，其中一棵樹齡逾2、300年的老梅樹，相傳為明朝寧靖王朱術桂（公元1617年－1683年）所植，但近年遭細菌感染，由福田樹木保育基金會搶救成功重獲新生，每至寒冬梅花盛開吸引遊客。