西港刈香與眾不同之處在「刈香遶境」及「王醮」兩部份同時進行。流程如下： 一、落廟：香科前一年農曆正月9日玉皇大帝壽誕日，96庄代表召開會議。 二、杯選主會：香科前一年農曆4月15日千歲爺壽誕日舉行擲筊，由千歲爺欽定主會首、副會首、協會首、都會首及讚會首等。 三、擇日：委由堪輿師選擇辦理香科日程。 四、船(舟參)儀式(舟參為船隻龍骨之意)：包括定(舟參)、取(舟參)、造(舟參)、請(舟參)、安(舟參)、合(舟參)等順序，由於民間信仰認為(舟參)是王船的靈魂來源所在，因此從選材、取得、製作過程，都必須有一連串儀式，以賦予宗教能力。 五、造船儀式：包括安龍目(賦予靈魂、活化生命)、安崁巾及安獸面鏡(祈福避邪作用)、安樑頭、王船豎桅(表示工程全部結束)、進水出澳(意謂船隻正式啟用試航，由眾人稍微推動一下，再將水潑灑於船身、地面代表其意)。 六、杯選旗牌官、王船神職人員。 七、起造王府、豎燈篙：於香科正式開始前一個月起造。 八、南巡：刈香前半個月，由慶安宮千歲爺南下臺南「南巡」。 九、請王：於刈香前2天，在南埔王船地恭請值年千歲及諸神明王駕，代巡聖臨，並恭請千歲起駕回王府安座。 之後刈香遶境流程： 十、請媽祖：於刈香前1天前往鹿耳門天后宮「請媽祖」。 十一、刈香繞境：刈香一連3天，恭請千歲爺轄域96村鄉遶境，場面盛大、參與行伍眾多，包括60幾頂神轎、50多團的陣頭，大多由參與村落的神輿及文武陣頭組成，並有開路先鋒「蜈蚣陣」一連3天上場，為整個香科大醮典的重頭戲。 之後王醮流程： 十二、王醮科儀：從刈香前1日，慶安宮舉辦王醮科儀(為道教醮典，儀式眾多繁複，含「關祝五雷神燈」壓制群邪以及「和瘟酌獻」，藉由和瘟禮儀請邪靈遠走他處)、王府行儀和宴王大典(王爺駐駕後，於送王前夕，擺設宴席款待王爺)。 十三、送王：行過「宴王」、「點艙」禮儀，再作「拍（打）船醮」為王船點召兵馬眾將打通航道開水路，恭送千歲押送瘟神疫鬼離境。
西港刈香遶境隊伍內有多元的文武陣頭，其中武陣源自香境內村莊間的聯合與競爭，形成榮辱與共的社區空間，並藉由武陣凝聚情感，形成特有的「腳巾組織」，腳巾為陣頭纏於腰間的長布，俗稱腳巾，是早年轎夫、武師等勞動力較大的工作者使用，計有紅、黃、藍、綠、淺綠等5種顏色，是西港刈香的特色。
宋江陣為西港刈香境內保存最多的傳統陣頭，為臺灣早年地方自衛武力，其他如金獅陣、白鶴陣、五虎平西都是由此變化出來，雖然原始戰鬥功能喪失，卻成為宗教慶典最重要陣頭之一。
蜈蚣陣為早期臺灣宗教慶典中的連結型藝閣，需真人推動，組閣上的題材多為中國古代歷史或傳奇故事，並以12歲以下孩童裝扮故事人物。是遶境隊伍中最矚目、最受歡迎的陣頭。
「王醮」最後的送王儀式，由旗牌官清點王船上物品後，道士舉行拍船醮，由香境信眾合力齊拉至曾文溪畔南海埔的王船地，舉行叩謝禮後「五主會」便分頭點燃金紙燒化，恭送千歲爺回天庭繳旨，完成押送瘟神疫鬼離境。