玄空法寺內的護法殿，跳脫中國傳統寺廟建築手法，改採圓頂建築，圓是萬德圓滿，希望信眾都能有包容心和慈悲心，造就萬德圓滿。護法殿內供奉由漢白玉雕刻而成的佛教護法「伽藍」，亦即道教敬奉的「恩主公」關聖帝君。此處的伽藍菩薩為全臺僅見身坐與腳踏蓮花的造型，蓮花瓣往下，代表返駕慈航普度眾生。
大智山玄空法寺鎮寺之寶「佛心印聖石」，為重達152噸的花蓮帝王石(港口石灰岩)，由於石頭過於巨大，以夜間運行方式，歷經3天才從花蓮運抵。此石背面刻有大「佛」字及「心經」全文，以及佛教典籍《金剛經》中著名的四句偈「一切有為法，如夢幻泡影，如露亦如電，應作如是觀」。
寺內最吸引信眾及遊客目光的景致，是十餘根億年才能生成的樹化石，和高聳的鐘乳石林，鐘乳石柱、石筍，每一根皆高過百年老樹，給人直向天際之感，數量之多全臺少見，和園區內五葉松、真柏、奇石，搭配成深具禪風的美麗庭園景觀。
大智山玄空法寺文物館內，擁有數量龐大由信眾捐給寺方的千年古佛塑像及古佛首，年代遠至唐宋，也有近代雕塑大師侯金水(公元1948-)創作的佛像，十分珍貴。每一尊古佛都是寺方依照每古佛特色，擺放於最適當的位置，眾多古佛匯聚彷彿一同在此向眾生說法。
大智山玄空法寺園區內共收藏全臺最大、總重超過500噸的3顆靈璧石(Lingbi stone)，其中2顆各176、156噸的巨石位於寺廟入口處，另一顆160噸放置在菩提園旁。靈璧石原產自中國安徽省靈璧縣磬石山一帶，因質色、紋路優美，而有中國四大名石之首的雅稱。