南鯤鯓代天府佔地近6萬坪，殿宇雄偉壯麗，古蹟本體為一座九開間三進兩廂的建築，由三川殿、正殿及後殿組成，正面角度貌似三座廟宇的組合，正中央是代天府，左右分置城隍衙、中軍府。除了古蹟本體，整座廟尚包含民國60年代之後陸續修建的頭門拜亭、萬善走廊、香客大樓、凌霄寶殿、大鯤園與牌樓等。 古蹟本體外檐裝修的主要材質為石材，花崗石和青斗石間雜，技法上則是凹凸雕並用，風格上多為日治時期修建手法。因為由泉州匠師王益順於日治時期重建，在風格上仍保有許多泉州建築特色，如山牆的金形鵝頭墜、紅磚底塑白灰與剪黏的山花。 三川殿的大木架構採取3座四垂頂並立的佈局，正面連成1線，但屋頂線條中高旁低、主從有別。正殿面寬三間，進深四間，屋頂為歇山重簷的四垂頂，內部使用三通五瓜式的大木構架。後殿與三川、正殿連為一氣，同樣為三開間，因此採光較暗，符合王爺陰神喜暗的特質。
民國72年（公元1983年）增建的山門，為亞洲地區最大的五門式木作牌樓。一般廟宇牌樓多為兩立柱間加上「額枋」(即木結構建築檐柱和檐柱間的橫樑)，南鯤鯓代天府牌樓除剪黏、屋瓦和柱珠(柱子最下方防潮的基座)外，全部使用實木接榫建造，12根大木柱取自臺灣已禁砍伐的一整棵紅檜木，直徑約81公分、高14公尺，屋頂則以重檐設計更顯壯觀，是出自「溪底派」大木匠王益順姪子王錦木（公元1909年-1996年）的作品。
凌霄寶殿內以黃金打造的純金玉旨(即無形界最高主宰玉皇上帝所頒發的詔書指令)，高6.6公尺、寬2公尺、厚60公分，造價高達新臺幣6億元，是南鯤鯓代天府籌畫半世紀，將歷年信眾為助造玉旨而捐獻的大大小小黃金金牌，加上部分採購補足10,800兩(約405公斤)共同熔鑄而成，堪稱全球最壯觀的黃金玉旨。
位於正殿後牆的「金錢壁」是澎湖內垵內塹宮於日治時期大正15年(公元1926年南鯤鯓代天府重建時，以帆船載運咾咕石前來捐贈興廟，每塊「金錢」以正方形居中，四邊作六角形而構成八角形的「八卦龜錦紋」，以象徵「迎財納福」，成為特殊的裝飾藝術。金錢壁右下方留有「大正丙寅年（公元1926年）澎湖郡西嶼庄內塹宮敬獻」之落款，證明南鯤鯓與澎湖兩地的王爺信仰關係，臺灣僅此一堵。
南鯤鯓大鯤園的假山、流水、池塘和涼亭，深具中國江南古典風情，是香客來此進香時小憩之處。裡面設有「南鯤鯓文史館」，典藏豐富的王爺信仰、歷史沿革等文史資料，也可了解隨著信仰傳播與信徒遷徙，分靈而出的神尊逐漸擴散到全臺各地及分靈寺廟的分佈。
一、進香期(農曆)： (一)4月中下旬：第1個進香期逢大王爺李府千歲誕辰(4月26日)和五王爺范府千歲誕辰(4月27日)，此時為春夏之交，加上大王爺分靈廟較多，進香活動最為頻繁。 (二)6月中旬：第2個進香期逢二王爺池府千歲誕辰(6月18日)和觀音佛祖誕辰(6月19日)。 (三)8月中下旬：第3個進香期逢四王爺朱府千歲誕辰(8月15日)和萬善爺誕辰(8月24日)。 (四)9月中旬：第4個進香期逢三王爺吳府千歲(9月15日)，由於三王爺日治以來的神蹟甚多，廣受民間喜愛，分靈廟較多，熱鬧程度僅次於第1進香期。 二、儀式流程： (一)貼香條：告知廟方與周邊民眾進香團將來到南鯤鯓進香的事情。 (二)晉廟（神像登記）：包含拜謁、入廟、團拜和點兵等一連串儀式。在進香隊伍進廟前要先行整隊，由手持烏令(1種長細竹和竹葉支組合成的法器，用以驅邪)的人員在前端揮掃，驅除邪穢，隨行的陣頭和乩童會沿路擺排場。 (三)候香（進香團休息）：在乩童操五寶護駕下，神轎要行「踏四門」禮、三進三退犁轎大禮，神像才能落轎，進入暫奉區等待。 (四) 交香佮爐(合爐)：經過一番等候，進入正殿後，要行交香合爐，廟方神職人員將南鯤鯓廟的香灰杓入自家神明的小香爐。 (五)過爐：進香團人員捧神像和持法器，到內殿過內爐，以加持南鯤鯓五王的靈力。 (六)回駕（神像請出）：過爐之後，進香團即整隊回駕。