雲林六房媽祖過爐慶典由雲林縣斗六市、虎尾鎮、斗南鎮、大埤鄉、土庫鎮等區域居民組成五股36個庄頭，奉祀共同神祇天上聖母，每年並依股序庄頭輪流，擲筊選出值年爐主輪值。慶典流程如下： 一、擲筊選爐主：凡輪到主辦六房媽祭祀事宜的庄頭，於過爐前1年的農曆月之第2個週六或日，進行擲筊選爐主程序，新任爐主必須負責來年過爐的程序順利完成。 二、任務分配：五股36庄頭代表、理監事、各分會代表、理監事組成的中華民國六房媽會，會召開與值年爐主的組織會議，進行任務分配，包括協調過爐遶境路線、公廟的參神儀典與下任爐主交接儀典。 三、臨時紅壇搭建：於過爐日前一周，搭建好神祇臨時安座供信眾參拜祈福的紅壇。 四、過爐日徒步遶境：過爐日出發起駕前1小時，新舊值年爐主辦理各項事物移交。神轎與信眾自舊紅壇出發，前往值年股新建紅壇，遶境時隊伍由四大將公擔任開路先峰，各股陣頭或信眾依照輪值先後順序緊跟在後。 五、值年紅壇安座儀典：神轎抵達後進行安座儀典。
六房媽過爐的慶典已流傳3百多年，由雲林縣斗六市、斗南鎮、虎尾鎮、土庫鎮、大埤鄉等5個鄉鎮市內數個里、村、社區，組成土庫股、斗南股、五間厝股、大北勢股、過溪股，此「五股」每年換一股輪值供奉機會均等，各股再由股內各小股協調輪流，例如斗南股每5年輪值一次，但轄下還有5小爐，每個小爐就需等待25年才會輪到。而每年農曆2月第1週週六或週日，會決定該年度的農曆4月徒步遶境過爐日期。
六房媽於每年農曆4月間變換奉祀地點，輪到主辦六房媽祭祀事宜之各股，會依照時間流程選「爐主」，負責搭建供奉六房媽的「紅壇」，同時安排交接任務，並負責保管六房媽神像與公產。而紅壇就是神祇臨時安座供信眾祭拜的地方，除了使用臨時建材、沒有傳統廟宇的裝飾藝術外，其他配置大致上和一般廟宇雷同。因六房媽過爐為封閉性宗教活動，紅壇的祭祀儀式保留臺灣許多傳統古禮。
六房媽過爐遶境活動中，最富人情味的是「分旗腳」，即輪值供奉六房媽的輪值股信眾不需參加過爐遶境，但要準備食物、點心和飲水，款待其他4股辛苦遶境的人員。當參與遶境的隊伍走完全程後，輪值股的鄰里長會帶領被分配到其村莊接受款待的其他股下人員前往用餐，稱為「接頭旗」，由於大多數人都是5年才來一次，而且每次接待請客區域都會調整，雙方雖互不相識，但氣氛融洽。