位於海印寺外左前方的石門關，為金門著名太武山12奇景之一，是一座石楣、石柱帶半圓拱，高度不到5公尺的小門，以石塊堆砌而成。石門關上並有晚明儒將盧若騰所題橫額「海山第一」4個字，根據「重建太武寺碑記」記載：「海上各島，浯洲最著，諸島名山，太武最著」。意思是海上各島嶼中，以金門島最有名，各島的名山中，以太武山著名。石門關性質早年可能為寺方的自衛設施，原來的石門關範圍、石牆規模，也較今日規模更大，現已成佛寺山門。
位於海印寺大雄寶殿後山的古石室，為海印寺最古老的建築，是利用巨岩之石洞，略加修整而成，據推測應建於宋明時期，形制頗奇特，人工與自然相接合的古建築深具歷史價值。
位置在大雄寶殿下方的安心石，原為海印寺建廟前廟地裡的一塊花崗岩巨石，相傳撫摸石頭，可獲得無上能量。在玻璃牆上並有註明祈福方式，以左手摸心、右手摸石，並默念佛號，即可讓心情平靜。
由安心石側面進入的安心石室，裡面展示許多海印寺相關文物，包括歷次整建所使用的建材、明代遺留下來的花崗岩，以及眾多佛教書畫。石室中最特別的是多尊年代已不可考的泥塑羅漢雕像，早年雕像全埋於地底，佛寺整修時雖重見天日，但多已呈現破碎狀態。後來經專家修補後放置在石室內，每尊雕像恢復歡喜自在的表情，面部、肢體線條表現栩栩如生，且衣飾塑形十分細膩精巧。
海印寺後殿的大雄寶殿，約為公元1970年代重建，屋頂為歇山式，但前後屋坡有斷線，樣子有如重簷設計。頂層屋頂以硬山擱檁(一種建築工法，就是橫牆間距較小的坡屋面，把橫牆上部砌成三角形，直接把檁條支撐在三角形橫牆之上，可節省建築材料)承重牆，下層屋簷為鋼筋混凝土與傳統磉石建造。佛殿主祀釋迦牟尼佛，正面寬3間，殿內只有2根後金柱，前面設一門，與一般佛寺常見的大雄寶殿格局不同，且外牆體以石條砌成，呈現樸實美感。
鐘鼓樓位於正殿前方左右，和多數寺廟鐘鼓樓與廟宇建築主體連結一起的較為不同，為民國57年(公元1968年)所增建的龍樓、鳳閣，其中鐘樓內的古銅鐘為清光緒24年(公元1898年)由一本禪師於日本募鑄而來。
石像公園放置32尊海印寺主祀的觀世音菩薩，佛像為佛教經典《妙法蓮華經觀世音菩薩普門品》中所載的32化身，各石像表現觀音菩薩隨眾生機緣而順應示現。