現今澎湖天后宮的格局樣貌，為日治時期大正11年(公元1922年)所重修，當時主持重建工程者為原籍廣東潮州匠師藍木(公元1872年-卒年不詳)，因此與當時臺灣寺廟建築多以閩南風格為主有所不同。整體布局為3殿2院型式，包括三川殿、正殿及後殿的清風閣所組成，3殿之間共有2個天井分隔，並用護龍和廊道連接。因廟宇蓋在斜坡上，入廟後隨地形由外向內依序抬升，建築外牆並使用澎湖特有的硓(石古)石為一大特色。廟埕進入三川殿之間的石階，設計成多角形，由於臺灣廟宇石階多設計成圓形或方形，多角石階亦為獨一無二設計。三川殿三開間，左右與護龍相接，主要為防風沙作用，是澎湖當地特殊建築風格，也是刺花、彩繪等裝飾藝術精華集中處。最精彩的木雕多以樟木表現，表現近代臺灣寺廟雕刻的精緻與寫實手法，為華麗璀璨的木雕藝術立下典範。而三川殿看架上向前傾斜的彎枋(為牌樓面上成彎曲的枋木)、吊筒柱小雕花大、柱子多為「方形」，牌樓上的彎枋和連栱在緊接封柱處加斗等，均為潮州派澎湖匠師明顯特徵。
放置於清風閣內收藏的「沈有容諭退紅毛番韋麻郎」花崗石碑，高194公分、寬29公分，其年代為臺灣地區歷史最久，有「臺灣第一碑」之稱。石碑紀錄明朝萬曆32年（公元1604年），聯合東印度公司由提督韋麻郎率領兵船來中國要求貿易，因在廣州遇暴風，於是轉至澎湖。明朝由福建總兵施德政(生卒年不詳)派都司沈有容至澎湖交涉，荷蘭人乃退出，為紀念此一外交折衝成就而立碑。
位於三川殿步口(為房屋前面以屋簷延伸為頂的走廊空間)上方架棟的雕花，其雕刻手法因木匠受嶺南畫派影響，以內枝外葉的手法，表現出凹凸的前後層次，展現細膩工法，題材為歷史故事或花鳥，為天后宮裝飾藝術中最重要的部份，也是全臺廟宇中最優秀作品之一。
天后宮彩繪藝術「擂金畫」，均施作於正殿神龕左右兩側，包括大楣有3幅、神龕有4幅，均出自福建漳州木匠「水林師」朱錫甘(公元1895年-公元1940年)之手，擂金畫是廟宇彩繪技術中的異數，製作特色為使用金箔粉，畫在尚未完全乾燥的黑漆底色之上，以金粉的疏密來表現濃淡，難度技巧高，但視覺效果則更加華麗高貴。擂金畫在臺灣本島不多見，澎湖也僅天后宮有多幅作品，題材以人物為主，是天后宮彩繪裝飾重要成就之一，修護後已加裝玻璃保護。
位於正殿神龕內的金面媽祖，頭帶后冠，雍容和藹，清康熙22年(公元1683年)福建水師提督施琅（公元1621年-1696年）打敗明鄭守軍攻佔澎湖，認為媽祖顯靈保佑，因此，奏請皇帝於清康熙23年(公元1684年)敕封媽祖為「天后」、賜「金面」，廟名也改為「天后宮」。
位於正殿前方的屏堵，共有8扇門，日治時期大正12年(公元1923年)天后宮重修完工後，正殿原本未加裝屏門，而是光復(公元1945年)後，為防止颱風雨水潑入而裝設，分別雕刻花鳥與四季吉祥主題，象徵富貴與幸福同在之意。手法相當精巧，為木雕的上乘之作。
位在正殿左側通道上方的「功庇斯文」匾額，為開澎進士蔡廷蘭於清道光24年(公元1844年)考中進士回鄉祭祖，適逢天后宮道光25年(公元1845年)重修完成，為感謝媽祖庇佑學子，特贈此匾。匾額以黑底金字陰刻文，十分特別，匾額原大正12年（公元1923年）重修完成後掛於清風閣二樓，目前移至正殿左側通道上的第二進前落東次間上方。
後殿的清風閣又稱公善樓，為當時文人聚會之處，為日治時期大正14年(公元1925年)天后宮改建後增加的建築，取名清風閣為登高樓清風徐徐而來之意，許多木雕細部，皆反應出潮州建築特色。清風閣內部主要為陳列澎湖天后宮歷史文物與舊照，其中包括「沈有容諭退紅毛番韋麻郎等石碑」、荷蘭人所繪的「澎湖港口圖」、天后宮改建碑記拓本、「功庇斯文」匾拓本，以及以往的修護紀錄圖冊、和天后宮與重修時拆卸的舊料構件等。