雷藏寺建築風格為重檐歇山頂的傳統廟宇建築，主體包括大雄寶殿及左、右兩廂房、金母殿、西方境、尊勝陀羅尼塔等，大雄寶殿、廂房及金母殿以金色琉璃瓦為頂，外牆搭配白色水泥，大雄寶殿屋頂兩側有6面山牆，雕刻佛教密宗特有的十字金剛杵(代表定、專一，象徵摧滅三毒與一切魔障，顯出佛、菩薩、金剛的威神之力)，是雷藏寺與眾不同的標記。
雷藏寺由三棟主建築物構成，包括大雄寶殿及左、右兩廂房。大雄寶殿挑高7層樓，殿堂內面積達5百坪，為臺灣室內廟殿最高的寺廟建築，大殿內四點金柱為須彌龍柱，刻有詩偈：「請多唸佛佛現前，請常持咒空行仙。坐禪觀想證空性，諸善奉行濟世人。」地板則舖設西班牙進口米黃色特級玉皇石，四面迴廊使用巴西進口花崗石建材，讓大殿呈現雄偉之姿。殿內供奉的阿彌陀佛、觀世音菩薩、大勢至菩薩金身高32台尺；文殊菩薩、普賢菩薩高26台尺；韋馱菩薩、伽藍尊者金身高22台尺，殊勝莊嚴。
位於大雄寶殿下方分為佛部、金剛部、蓮華部、城隍殿、財神殿，供奉佛、道、密宗等神祇，包括蓮花童子、無極瑤池金母大天尊、五方五佛、真佛宗八大本尊、四大天王，左側為城隍菩薩，右側為紅財神。
雷藏寺左側山坡上矗立一座高8公尺的密教著名佛頂尊勝陀羅尼塔，塔身刻有「尊勝陀羅尼咒」，可供信眾在塔上以清淨心繞塔、唸佛、持咒，信仰者相信如此可以趨吉避凶。