全臺罕見「雙宮奇景」的長和宮與水仙宮，外觀為兩座宮廟主次雙軸平行並列的格局，內部建築格局相似，雖為不同時間興建，但應出自同一批匠師系統。長和宮為三進三開間帶兩廊，第一、二進中夾有天井，拜殿屋頂為捲棚式，採用疊斗座獅，中軸線地板鑲有拜石，正殿屋頂以四點金柱架構出三通五瓜，再以後副點金柱形成封閉神龕。後殿為主祀觀世音菩薩的「竹安寺」，屋頂也採三通五瓜設計，屋頂稍低於正殿。而同治年間興建的水仙宮，為二殿二廊式建築，兩廟間隔一巷子，以員光(位於通樑下方，以加強樑柱結構穩定性的較短木造構件)門相通，和長和宮連為一體。步口員光為書卷造型，是較特殊之處，三川殿前後大木構架相對稱，為少見作法，民國87年(公元1998年)水仙宮也公告為新竹市市定古蹟。
據載宋太宗雍熙4年（公元987年）媽祖仙逝後，湄洲祖廟保存著其升天後所遺留的一束頭髮，並分成3份製成3尊軟身神像。相傳長和宮正殿內主祀的湄洲祖廟正三媽軟身神像，其髮髻來自媽祖遺世真體而彌足珍貴。原來臺時所著鳳冠霞披、錦繡袍裙、三寸金蓮履和繡花荷包，已超過270多年歷史，均已由廟方收藏。
目前由廟方收藏的鎮殿之寶「七寶銅爐」，為明朝宣德年間（公元1426年-1435年）銅爐的仿製款，形式十分古樸，而另一只紅紋玉石香爐，為清嘉慶25年(公元1820年)恭製的極品，上面刻有「天上聖母」字樣。
長和宮與水仙宮的彩繪，出自國寶級彩繪大師潘麗水(公元1914年-1995年 )之子潘岳雄(公元1943年- ) 採用「披麻抓灰」(在木材表面抹灰打底、填補裂縫，再披上麻布、刷灰、上桐油漆，讓表面平整後才作畫)的方式所作，包括明間的門神「秦叔寶」、「尉遲恭」，以及次間的宮女和屋架上的梁柱，多繪以歷史人物和花鳥，幾乎無處不彩、無處不畫。