位於竹蓮寺正殿上方的「大海慈雲」匾額，源自清光緒13年(公元1888年)新竹大旱，知縣方祖蔭(生卒年不詳)祈雨於城隍爺、龍神及觀世音菩薩，相傳當年觀音媽應允降雨後，神像首度踏出竹蓮寺遶境，隊伍尚未抵達南寮漁港即風雨交加、普降甘霖，特請臺灣巡撫劉銘傳（公元1836年-1896年）奏請御書頒賜匾額。「大海慈雲」匾額正記錄當年新竹大旱歷史，樣式為金底黑字雙龍搶珠，兩側有一對金龍護匾，正面中間則有「光緒御筆之寶」的御印。
竹蓮寺正殿神龕共有3尊觀音媽神像，均是泥塑金身、頂戴五佛冠，信眾暱稱大媽、二媽及三媽，位居最後方的大媽，是竹蓮寺建廟之初奉祀的神像，二媽迎自南海普陀山法雨寺，也是清光緒13年(公元1888年)新竹大旱祈雨時，出巡遶境的神像，最前面尺寸較小者為年代最為久遠的三媽，已3百多年歷史。
竹蓮寺正殿上方大樑下左右各有一尊雙手合十、張開翅膀的神像，為佛教知名的「乾闥婆」，據佛經《妙法蓮華經觀世音菩薩普門品》中記載觀世音菩薩有32種化身，因應眾生的需要而現身說法，乾闥婆即為其中之一，全臺灣僅竹蓮寺有此設計。
正殿左右護龍十八羅漢神像，相傳距今已有170多年歷史，作者雖不可考，但雕塑形象十分古樸，還曾一度遭竊。但正殿觀音媽指示十八羅漢相約出遊，3年內必能找回，果然3年後被海關人員查獲請回竹蓮寺。
竹蓮寺民國40年(公元1951年)的整修以當地人設計監造、當地人施作為主，因此廟內泥塑剪黏及交趾陶，多為名匠蘇陽水（公元1894年-1961年）在臺期間傳授的唯一弟子新埔朱朝鳳(公元1911年-1992年)、人稱「阿鳳司」所作，少數為陳天乞(公元1906年-1990年)作品。特別是龍、虎堵交趾燒製工作，當時就在正殿後方堆窯直接燒製、現場按裝，不僅做工相當精細、構圖純熟，也是當時少見的大型作品。立於次間的「韋馱」和「伽藍」尊者泥塑塑身神像，也是朱朝鳳作品，皆為竹蓮寺鎮殿之寶。
有別於一般寺廟使用銅製或石材的大香爐，竹蓮寺的景泰藍大香爐顯得十分特別。