南崁五福宮的鎮廟之寶，是道光3年（公元1823年）舉行祈安建醮所留下之天爐(石香爐)，上面刻有「道光參年冬，南崁暨各莊，元帥廟，祈安建醮，捐緣眾子弟同立」文字，至今已近200年歷史。這座天爐與一般傳統香爐設計不同，上方為八角型修飾，刻以花卉鳥獸，下方為立柱，直徑57公分、高度80公分，重約達120公斤。因當地民眾深信摸天爐可以帶來好運，許多前往拜拜的信眾，都會雙手順時針繞摸3圈許願祈求。早年這座天爐因廟宇改建放置倉庫收藏，被耆老發現後改移至大殿前展示。
南崁五福宮後殿有使者公蛇洞，也是臺灣唯一在廟內飼養錦蛇的寺廟，相傳早年五福宮所在的營盤坑附近皆是大榕樹，神蛇日出夜歸以茅草廟為家，被視為神明的使者。神蛇雖不傷人，為避免驚擾香客，民國66年(公元1977年)，廟方重建後殿時，也興建使者公蛇洞，而餵食使者公的雞蛋由信徒奉獻。
南崁五福宮內傳統建築藝術裝飾，除了廖石城、徐清、黃龜理（公元1903年-1995年）的木雕，廟內交趾陶作品吸引行家目光，位於正殿左右龍虎壁堵，為日治時期大正14年(公元1925年)，出自泉州籍交趾陶大師蘇陽水(公元1894年-1961年)之手，為目前蘇陽水留在臺灣的少數作品之一，不僅是五福宮鎮廟寶物之一，也是臺灣之寶。
南崁五福宮同治5年(公元1866年)增建聖蹟亭，供焚化字紙、祭文、祭器等，原本位於牌樓旁，為避免來往車輛撞損，民國94年(公元2005年)遷移至廟左側金爐旁公園內。紅磚建造兩層亭身，每層翼角均有龍鳳吉獸裝飾，上面有「聖蹟」二字，旁邊立有一石碑記載此事和詳列各界捐款內容。