大溪齋明寺原為單進兩護龍(ㄇ字型)的三合院廟宇建築，後再增建為單進四護龍形式，東西兩廂房前有日式石燈，右為日本昭和時代所建。大殿呈現傳統閩南式的風貌，裝飾手法和棟樑架構，深具藝術價值。正身和兩廂護龍形成三合院形式，全部由榫節接合而成，展現中國式木造建築獨特之美。
正殿前神桌是臺灣著名木雕大師黃龜理（公元1903年-1995年）少見的親手木雕神桌作品，由整塊黃楊木立體雕刻而成，正面刻有唐朝「唐明皇夜遊廣寒宮」的故事，裡面人物雕工細膩、栩栩如生，是齋明寺內重要古物之一。
敬字亭約建於清同治5年(公元1866年)，為桃園市現存最古老作品，建材取自附近砂岩雕刻而成，亭身建築分3層，由石條砌成，頂層為祭祀空間，亭頂塑為葫蘆形狀，奉祀造字先師倉頡牌位，頂層與中層皆有對聯，中層為焚字紙空間，底層為通風與收藏字紙處，比例勻稱，保存完整，被視為珍貴文化遺產。
《磧砂藏經》全名為《宋磧砂延聖寺刻本藏經》，此為宋元時期3代聖尼相繼斷臂化緣勸募，歷時91年方竣工之木刻版本，是聞名中外的佛教諸藏彙編，開雕於大陸蘇州的磧砂延聖寺而命名。《磧砂藏經》雕版刻印工作，歷經宋元兩朝，共收錄佛教典籍1,532部，共計6,362卷。這部古版大藏經，曾在民國20年(公元1931年)由上海「影印宋版藏經會」重新影印500套，當時齋明寺住持江普乾(生卒年不詳)在該藏出版之後，自大陸請回一套，為臺灣佛教界擁有中國古版藏經的開端。
大東亞戰爭時期日本人推行皇民化運動，有計畫消滅臺灣固有宗教，齋明寺因本身為佛教曹洞宗，認日本越前永平寺為宗主，以避免被徵收拆除，佛像坐向之左為日本曹洞宗福井縣永平寺寺紋(又名久我龍膽紋)，右為日本曹洞宗橫濱市總持寺寺紋(又名五七桐紋)，見證日本統治臺灣過往歷史。
為符合法鼓山的宗風，大溪齋明寺增建的禪堂、寮舍及齋堂，為融合新與舊的「減法」建築，由設計師孫德鴻發揮宛如「修行」的想法，盡力將許多原有的設計概念去除，包括造型、高度、色彩等，透過外牆為清水混凝土的表現，呈顯宗教建築的寧靜氛圍，保持素樸的面目，最後脫穎而出榮獲2012臺灣建築獎首獎。