慈祐宮為三川五門三進(即入口有5個門，縱深有3個殿)的建築，正殿有三層重簷，左翼鐘樓與右翼鼓樓遙相對望，三川殿氣派莊嚴，屋脊並以雙龍朝福、祿、壽三仙，取其保佑之意。屋頂裝飾的剪黏、交趾陶作品，多數以龍鳳圖案、中國古代歷史故事為主，中央門上書「慈祐宮」，龍門曰「左輔」，虎門稱「右弼」。後殿是一座5層樓建築，遠望近觀均呈現金碧輝煌氣象。
位於松山慈祐宮大門口的一對石獅，刻於清朝嘉慶8年(公元1803年)，距今已有200多年歷史，與一般廟宇門口的石獅造型有所不同，除較少繁複的修飾，線條呈現古樸之姿，且母獅子嘴巴為閉著，公獅子則開嘴吐舌，為象徵乾坤陰陽的鎮殿之寶。石獅在廟殿翻修過程中，曾一度被廢棄在他處，後來被發現重新置於三川殿前。
位於正殿神龕神桌上，來自大陸仙遊游媽祖總廟、造型古樸的媽祖神像，雙手持笏於胸前，已有200多年歷史，在大陸總共雕塑3尊，經福建莆田市之仙遊仙霞媽祖廟來臺溯源，發現該廟媽祖神像係分靈自松山慈祐宮，文化大革命時曾避難於民家，其中1尊遺失，另1尊於民國101年(公元2012年)由松山慈祐宮連同「錫口天上聖母聖意牌」一起迎回臺灣。
目前由廟方珍藏的大殿的「錫口天上聖母聖意牌」，為清朝嘉慶、道光年間張姓船商自錫口媽祖宮恭請，並由廟方提供經費，回到大陸仙遊供奉建廟，又自錫口媽祖宮分靈到仙霞媽祖廟。後來兩岸關係斷絕，直到民國101年(公元2012年)才又尋回，聖意牌見證「媽祖從臺灣回傳福建」的歷史。
松山慈祐宮開山祖師林守義來臺創建錫口媽祖宮後，見弘法有成並感念聖母庇佑，於清乾隆48年(公元1783年)回到家鄉仙遊游另建一座媽祖廟「龍興宮」，並獲乾隆皇帝御賜「利濟參天」匾額。此匾額因當時賜給龍興宮，無法帶回臺灣，衡真和尚遂與十三街庄居民再恭製一塊，落款為「闔淡紳衿士庶所獻」。民國100年(公元2011年)慈祐宮至大陸民家再尋回原古匾，兩塊匾額現已一同高掛於正殿。
位於松山慈祐宮後方松河街上，靠近堤防牆面的「松山慈祐宮石雕藝術區」，主要放置慈祐宮建立2百多年來，前後經7次擴建與大火之後，廟殿內所遺留下來的各種石雕作品，包括龍柱、石堵等。其中最特別兩根石柱，和一般的龍柱完全不同，上面刻有人物騎乘各種動物石雕裝飾，顛覆常人對於坐騎的印象，包括兔子、公雞、青蛙、螃蟹等，由上而下依序繞著石柱排列，雖歷經歲月洗禮，仍保存珍貴樣貌。