臺北指南宮純陽寶殿自建廟120多年來歷經多次整修，現為3層樓建築。目前的廟殿格局奠基於早年臺灣漳派木匠大師陳應彬（公元1864年-1944年），指南宮純陽寶殿也成為他後期代表作品。純陽寶殿於民國81年(公元1992年)進行整修時，外部改採堅固耐久的大理石材，屋頂則是首創中國南方建築中的銅瓦屋頂，內部則以肖楠木、青斗石(Bluestone)、銅瓦等3樣建材為主，殿內龍柱全由大陸泉州雕刻完成後渡海而來，雕工細緻栩栩如生。
純陽寶殿前三川門樓高聳雄偉，香客朝山而上仰望氣勢磅礡。青斗石面上鏤雕著精巧的中國傳統神話歷史人物，如印童、劍童、花童、茶童、門神飛仙、儀仗、樂班等，栩栩如生。花卉、鳥獸、雲天環繞，門樓頂上，中央為雙龍拱護火珠，兩側有雙鳳、飛檐(屋角向上飛起)生氣盎然。另有6座鏤石雕龍柱，兩柱為雙龍搶珠，兩柱下層為人物、戰馬、鳥獸、魚躍，展現動態的單龍柱，兩柱為花卉鳥獸生態柱。各柱龍鬚、羽紋，自然活潑，為難得的藝術精品。
指南宮相傳在民間有天下第一靈山之美譽，緣由來自當年指南宮主任委員高忠信，於民國80年(公元1991年)被推舉為中國宗教徒協會理事長時，邀請包括佛、道、天主、基督、回教、天帝教、一貫道等各宗教領袖至指南宮聚會，眾人對指南宮地理環境、視野絕佳大加稱讚，「天下第一靈山」名稱由此而來，純陽寶殿上並懸掛有天下第一靈山匾額。
凌霄寶殿為指南宮四個寶殿(純陽寶殿、大成殿、凌霄寶殿、大雄寶殿)中最高殿宇，屋頂最上層為閩南式風格，雕龍飾鳳，中有飛艷珠，第二層為北方式屋頂，屋脊上飾滿仙雲、走獸；牆壁壁飾、龍柱全由質地精良、少見的觀音山石(安山岩Andesite)雕刻而成，並在重點部位漆上少許金漆，遠觀時，閃閃發光，為古樸、沈穩壁飾中加添些許華麗。這裡也是公元1969年美國好萊塢電影The Chairman《飛越北京》(或翻譯為主席)當中毛澤東避暑皇宮，該片的男主角正是《羅馬假期》電影男主角葛雷哥萊畢克(Gregory Peck)。