新營太子宮是全臺著名的太子爺廟宇之一，創建於清康熙27年（西元1688年），由先民奉請原鄉中壇元帥來臺，最一開始是以搭建草寮奉祀，後來太子爺信仰陸續擴大，廟宇也由草寮改建成磚造廟宇。清光緒9年（西元1883年）移至現今廟址。於民國69年（西元1980年）保留舊廟，於廟後另建新廟。
太子宮廟宇雖然不大，但廟中各項剪黏、木雕等，皆為精美工藝之作，拜亭的洗石子石柱與神龕的木雕為太子宮著名的建築瑰寶，門神也是由著名彩繪大師潘麗水（西元1914-1995年）繪製而成。廟中有許多匾額，像是「保祐命之」、「其盛矣乎」，都是太子宮在信仰與歷史中最佳的見證。
新營太子宮建於清康熙年間（西元1684-1723年），清初先民許培元、洪濟舟、何世平、周以德、林中成（皆生卒年不詳）等信士經「中壇元帥」太子爺指點，自原鄉奉請神尊渡海來臺，一開始到安平一帶，原本要在此登陸，但太子爺指示不可貿然行動，因此眾人往北，來到倒風內海於一汊港登陸。登陸之後，許培元等五人經由太子爺指示，於該地搭建草寮奉祀。
清康熙27年（西元1688年）眾人倡議建廟，擇地於莊南鯉魚池畔，廟名取「太子宮」。因太子爺靈驗，因此該地的名稱為太子宮，現今依然有許多當地人沿用此稱。
太子宮一帶，在百年前就已稱為「太子宮莊」，清初隸屬於臺灣府諸羅縣赤山、茅港尾、佳里興等三保，清乾隆年間改隸新設之太子宮保且以太子宮莊為保頭。日本時代歷經多次改制，最後隸屬於新營郡新營街的「太子宮」大字，從中可以知道太子宮對於在地有極重要之影響。清雍正6年（西元1728年）太子宮擴建，清光緒9年（西元1883年）因廟宇年久失修，由地方長老提議重建太子宮，廟址也遷至現今舊廟所在地。
日昭和元年（西元1926年）由李瑞霖（西元1900-1977年）發起修建及增建拜亭，成為現今廟貌。民國38年（西元1949年）、民國53年（西元1964年）皆有進行整修。民國58年（西元1969年）廟內香爐發爐，經請示後決定新建廟宇。過程中地方諸位人士因感舊廟對於在地有極具重要意義，希望可以保留下來，經過多次討論後，最後於太子爺案前擲筊請示，獲保留舊廟，並於廟後擇地（今新廟所在）另建新廟之示。新廟於民國69年（西元1980年）動土，至民國81年（西元1992年）竣工落成。
民國88年（西元1999年）發生921大地震，廟宇因此有受損，同年10月以廟宇建築及各項裝飾構件，具精美水準富有藝術價值，以及廟宇對於地方歷史有極重要意義，將新營太子宮舊廟指定為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）進行古蹟修復，隔年竣工。
新營太子宮現今廟貌為清光緒與日昭和年間增修，廟宇格局為單開間，正殿前設拜亭，帶東西護室，廟門開三門。
太子宮的拜亭是以捲棚式八柱建構而成，屋頂有許多精緻的剪黏作品，正脊以雙龍朝龍馬負珠呈現，下方以八仙做為主題。拜亭屋架是採用兩通四瓜的形式，中間的兩根桁檁上頭繪製兩儀、四象，兩旁搭配各式斗拱與精緻的彩繪。此外，拜亭的柱子是以洗石子工法製成，前方中間還有一對楹聯，上頭的圖案與字體也是用洗石子雕塑而成。
正殿屋頂正脊的剪黏，以雙龍朝珠搭配魚躍龍門呈現，脊壁的部分前後戲文，分別為花木蘭代父從軍、公雞鬥戲做為主題。廟門兩旁牆堵以洗石子方式雕塑出龍虎圖。廟門部分兩旁門扇以木雕呈現，中間的門神是國寶彩繪大師潘麗水（西元1914年-1995）之作。
正殿內神龕上的木雕也是廟中精美作品，像是太子爺神房前方的欄杆罩與兩旁神龕上方的天灣罩，皆是廟內最悠久的木雕品。正殿中間神龕祀奉太子宮主神金吒太子、木吒太子、哪吒太子三位太子爺，其中哪吒太子就是大家所熟知的中壇元帥，配祀土地公與虎爺公。
廟內除了有精緻的彩繪、雕塑外，匾額也是太子宮的珍寶，廟門正門內側上方有「保祐命之」一匾，此匾為清光緒年間太子宮廟宇落成，由臺南府城四聯境普濟殿鏞鏘社敬獻，民國105年（西元2016年）太子宮啟建羅天大醮，普濟殿再次以「保祐命之」製作新匾致贈太子宮，此匾尺寸更為原來數倍之大，現懸掛於新廟拜亭。
由鹽水護庇宮所敬獻的「威靈顯赫」匾額，為民國62年（西元1973年），鹽水護庇宮媽祖南巡36莊時，由廟方所敬獻。拜亭上方「其盛矣乎」古匾，為日大正年間整修落成時所敬獻，從中可以了解到太子宮的歷史與文化足跡。
除了廟宇建工精緻外，在信仰方面太子宮也是全臺著名的太子爺信仰廟宇之一，當中每年的進香祭典亦是在地之重要文化，民國103年（西元2014年）由臺南市政府將此項文化登錄為市定民俗，太子宮也成為臺南市擁有古蹟與市定民俗的廟宇之一。
太子宮新舊廟照合影，廟方保留舊廟建築，並在後方另建新廟，讓新舊廟並存。
太子宮兩側廂房之一，為清光緒年間（西元1875-1895年）於現址新建時所建。
拜亭洗石子石柱與精美的剪黏，拜亭石柱為該廟的特色之一，前方楹聯也是以洗石子方式呈現。
正殿神龕欄杆罩，此為廟中保留歷史最悠久的木雕作品之一。
「保祐命之」匾，為清光緒年間太子宮廟宇落成，由臺南府城四聯境普濟殿鏞鏘社敬獻。
拜亭上方「其盛矣乎」匾，為日大正年間整修落成時所敬獻，從中可以了解太子宮的興盛足跡。
拜亭屋頂有許多精緻的剪黏作品，正脊以雙龍朝龍馬負珠為題呈現。
門神由著名國寶彩繪大師潘麗水（西元1914-1995年）繪製而成