媽宮城隍廟主祀城隍尊神，「城」指城牆，「隍」則是圍繞城牆的護城河，城隍原是城池守護神，從自然神演變為陰間司法體系的司法神，在漢文化信仰觀裡是官民共祀的神祇，敬仰城隍為兼施陰陽兩界，職司福善禍淫的公正之神。因而媽宮城隍廟不僅為馬公居民所祭祀，更屬於澎湖全境的闔澎廟，廣受澎湖居民信仰，在澎湖民間信仰廟宇中享有崇高地位。
清乾隆42年（西元1777年）澎湖海防糧補通判謝維祺（生卒年不詳）以文澳城隍廟狹隘非敬神之道，倡議在媽宮另建城隍廟，乾隆44年（西元1779年）竣工。今日所見的建築格局與廟貌為日治昭和8年（西元1933年）地方人士所發起重建，主體為面寬五開間的三落兩護龍帶拜亭之建築格局。
澎湖廟宇許多，以前即有「公廟」與「私廟」的分別。公廟又稱闔澎廟，大部分建於清代，闔澎廟屬於全澎湖島境內村民共同供奉，包含媽宮城隍廟、天后宮、觀音亭、三官殿及武聖殿。
澎湖有文澳城隍廟與媽宮城隍廟，又以文澳城隍廟歷史最悠久，並間接促成媽宮之創建。據〈媽宮城隍廟殘碑〉內容記述，澎湖在雍正年間已有文澳城隍廟的祭祀紀錄，廟址就在廳署衙門旁。乾隆42年（西元1777年）澎湖海防糧補通判謝維祺以文澳城隍廟狹隘，非敬神之道，倡議在媽宮興建城隍廟，此議獲得臺灣知府蔣元樞（西元1738-1781年）支持並捐俸相助，乾隆43年（西元1778年）興工建廟，乾隆44年（西元1779年）竣工。
城隍廟自建成以後，分別在乾隆、嘉慶、道光年間重修，但在清光緒10年（西元1884年）中法戰爭遭受戰火波及燒毀，戰後於清光緒11年（西元1885年）由通判程邦基（生卒年不詳）捐俸並率領仕紳出資重修。清光緒15年（西元1889年）廳署遷移至媽宮，媽宮城隍廟的官祀地位更為鞏固，奠定媽宮城隍廟閣澎廟的信仰地位。
日治時期城隍廟的官廟性質不再，日本當局對城隍信仰不再支持，地方人士鍾紅樟（生卒年不詳）、許合發（生卒年不詳）等人於日治昭和8年（西元1933年）發起重建，形成今日城隍廟廟貌與建築格局。
媽宮城隍廟的主體為面寬五開間的三落兩護龍帶拜亭之建築格局，建築左右對稱，構造是由承重牆與木構架系統所共同構築而成。
正殿與拜殿相連成二間式縱深，山牆成為雙連式，室內形成連貫性的空間，室內僅能從正面採光，使得室內終日陰暗而有深邃幽黯的氛圍，藉由空間營造來強化城隍神格為陰間司法神的性格。正殿設置木隔屏作為神龕，神龕內供奉尺寸巨大的城隍神像，神龕前的頂桌安奉「靈應侯令」令牌，頂桌與下桌之間擺放座椅，下桌桌面擺放筆架、毛筆、硯臺、墨水、硃砂、夜役籤筒與火籤、刑杖籤筒與火籤，神龕兩旁分列尺寸巨大的文判官與武判官神像，文判官左手持《判冊》、右手持毛筆，武判官右手高舉釘棍，正殿兩側分列4尊尺寸巨大的鬼差神像，左側藍膚色的鬼差持釘棍、洪膚色的鬼差持鯉魚枷，右側棕膚色的鬼差持三叉杖、紅膚色的鬼差持鐵鍊，正殿陳設出城隍辦公的公堂情形。左右護龍供奉六司，左護龍供奉褒善司、陰陽司、註祿司，右護龍供奉罰厄司、速報司、註壽司，六司為城隍的行政幕僚，各有其職司，協助城隍處理相應的行政業務。正殿的左稍間供奉註生娘娘，右稍間供奉臨水夫人。
山川門室內左側供奉謝必安（七爺）與排爺，謝將軍手持羽扇與火籤，右側供奉無救（八爺，或稱范無赦、范無咎）將軍與排爺，范將軍手持范將軍手持雨傘與火牌，謝、范將軍是負責執持拘緝，排爺是城隍麾下負責執杖行罰的皂隸，所以神像手持杖板（竹杯）。
三川門高掛清光緒12年（西元1886年）通判程邦基（生卒年不詳）獻的「你來了」匾，寓意所有人死後靈魂都要到城隍廟報到，「你來了」匾對面高掛尺寸巨大的算盤，算盤上對聯「世事何須空計較，神天自有大乘除」，寓意人死後在城隍廟清算此生的善惡功過。程邦基同時獻給城隍廟「悔者遲」匾，從城隍廟內的匾額到柱子對聯等散布在建築物上的文學作品，都在在突顯城隍作為司法神的神格，也意在提醒世人修身處事。
三川門兩邊分別豎立謝將軍、范將軍、班頭的神像。照片為謝將軍與班頭，分別職司緝捕的任務。
城隍為司法神，城隍神像前陳設辦公文具，模擬古代司法官員辦案的公文桌。
正殿明間神龕內供奉尺寸巨大的坐姿城隍神像，兩旁供奉立姿文判官、武判官神像，這三尊神像是信徒祭拜、凝視的對象。
三川門中門門楣上方懸掛巨大的算盤，象徵計算人一生的功過，有警示世人之意。
「你來了」匾，寓意所有人死後靈魂都要到城隍廟報到。
媽宮城隍廟的主體建築格局為面寬五開間的三落兩護龍帶拜亭之建築格局
清光緒12年（西元1886年）石碑記錄媽宮城隍廟在中法戰爭結束後重修的歷史。
正殿明間左右各豎立二尊尺寸高大、持不同刑具的鬼差，呈現陰間司法衙門情景。照片為鬼差的其中一尊，手持枷。