臺東天后宮為東臺灣唯一奉祀天上聖母的官廟,在清代面對開山撫番等嚴峻挑戰,且未像西部地區早有漢人墾拓的環境裡,天后宮在早期隨官府移民的聚落中產生穩固凝聚的作用;日治時期皇民化運動下,亦保存漢人文化並成為信仰中心,歷史意義深遠。
廟內保有清光緒皇帝在平亂後賜頒的「靈昭誠佑」匾額、媽祖田石碑等古物,右護室供奉昭忠祀神主牌位與殿內奉祀南路海防同知袁聞柝(西元1822-1884年)與鎮海後軍提督張兆連(張其光;生卒年不詳)神像,實為特殊,在東臺灣開發史上具舉足輕重的地位。臺東元宵節神明繞境亦由臺東天后宮發起延續迄今,每12年1次的大型祈安清醮為臺東市重要祭典活動。
臺東市舊稱有「埤南」(地名源自卑南族語,亦泛稱臺東地區)、「寶桑」(原為阿美族社名)等名,日治時期改為卑南。清同治13年(西元1874年)發生牡丹社事件後,當時督辦臺灣海防大臣沈葆禎(西元1820-1879年)進行開山撫番,同年11月派南路海防同知袁聞柝與總兵張兆連負責視察埤南,開通赤山(今鳳山)至埤南之路。清光緒元年(西元1875年)設埤南廳,廳治設於寶桑。
中法戰爭後臺灣建省,清光緒12年(西元1886年)劉銘傳(西元1836-1896年)任首任巡撫後,劉於光緒13年(西元1887年)奏請升埤南廳為「臺東直隸州」,州署設於水尾(今瑞穗),行政區域包括花、東兩地,「臺東」一名首見於官方文字。建省後劉銘傳開始在全臺進行清賦,實施丈田給單、繪造圖冊案等工作,後山土地清丈,魚鱗圖冊編造及完繳單費偶有糾紛,官民之間時有嫌隙。
清光緒14年(西元1888年)6月,因水尾墾撫局的委員雷福海(生卒年不詳)徵收各地田畝清丈費過苛,大莊客民劉添旺(生卒年不詳)結合墾民及平埔族人起事,發生原住民抗清的「大莊事件」,又稱「卑南番亂」、「大莊平埔番亂」。戰火並延至埤南,起事民眾亦燒毀原埤南廳署,且當時官兵不及300人,苦守17日,升為提督的張兆連帶領鎮海後軍祈求媽祖、觀音保佑,有驚無險的待援軍抵達。
清光緒15年(西元1889年)事件平定後,張兆連等人為感恩媽祖、觀音顯靈相助,率先捐出養廉銀倡議建廟,地方仕紳、後山各社相繼募捐。3年後完工,並分靈臺南祀典大天后宮媽祖。天后宮原廟址於今臺東市和平街之東禪寺,日治昭和5年(西元1930年)強烈地震引起龜裂,因而遷建。由臺東商人吳錦麟(生卒年不詳)捐出現址,地方仕紳發起募捐,耗時3年於昭和8年(西元1933年)完工。後又多次重修,於民國70年(西元1981年)重修整修,成為今日樣貌,在東臺灣開發史上具有舉足輕重的地位。
現址臺東天后宮於日治昭和8年(西元1933年)所建,格局為閩南式兩殿兩廊兩護室,屋頂有裝飾剪黏,較特別的為「千里眼」與「順風耳」神像剪黏,為臺灣罕見之特色。三川門門神畫像、牆壁和柱樑間彩繪、廟中木雕斗栱、托木、吊筒及窗櫺、廟前立體雕鏤繁雜的龍柱、廟前石獅等,皆為日治時期匠師所作,細緻精彩,值得細看。左護室為崇德廳,供奉觀音,右護室的昭忠祠,原位在埤南廳寶桑東海濱,於清光緒7年(西元1881年)由同知袁聞柝,為紀念開發「後山」死難先賢烈士而建,供奉神主牌位,後來因頹圮。光緒19年(西元1893年)移祠中神主牌於媽祖廟旁奉祀,後再歷經建祠、日治時期皇民化運動拆除,直到日治昭和8年(西元1933年)年臺東天后宮遷建現址,一併入新廟副祀。殿內奉祀著文、武將軍,文將軍為同知袁聞柝,武將軍為鎮海後軍提督張兆連。
廟中除有從天后宮舊址移來,嵌於兩廊壁堵間的埤南天后宮碑碣,還有媽祖田石碑,皆已有百年以上歷史,媽祖田來自提督張兆連興建天后宮完成後,為使廟宇能有收入來源、永續經營,因此將位於池上鄉大坡村的義田撥為媽祖田,由佃農交租給天后宮,兩塊原始石碑也見證漢人在臺東墾拓的歷史。天后宮正殿上方分別懸掛兩塊匾額,一為大莊事件平亂後,天后宮建廟時,由清光緒皇帝所頒贈的「靈昭誠佑」,二為「靈助平蠻」匾額,此匾原為張兆連感謝臺南祀典大天后宮媽祖湧泉助平亂而贈與廟方,民國99年(西元2010年)兩廟為強化交流,因此複製一模一樣的匾額回贈。
臺東天后宮於今經常舉辦各種民俗慶典,每年農曆3月23日媽祖生日、元宵神明繞境以及12年一次大型祈安清醮,都是重要祭典。臺東縣「元宵神明繞境活動」源於日治時期,因當時環境衛生條件差,疫病連連,臺東天后宮遂以主祀神媽祖結合海山寺觀世音菩薩、福安宮福德正神、天官堂白佛恩主公和順天宮的蘇府王爺出巡繞境市區,以驅逐邪煞並賜福地方信眾,每年均由臺東天后宮主辦,繞境隊伍多達70多隊,堪稱臺東地區年度宗教盛事。
清光緒年間張兆連為感謝臺南祀典大天后宮媽祖湧泉助平亂而贈與廟方,民國99年(西元2010年)臺南祀典大天后宮回贈複製匾額。
媽祖田石碑,記錄提督張兆連為使廟宇能永續經營,將位於池上鄉大坡村的義田撥為媽祖田,由佃農交租給天后宮。
清光緒17年(西元1891年)埤南天后宮碑碣,詳述張兆連平定大莊民變、媽祖顯應的神蹟,以及光緒15年(西元1889年)興建天后宮的經過。
清光緒7年(西元1881年)為紀念開發「後山」死難先賢烈士,所供奉的昭忠祠神主牌位與文、武將軍像。
大莊事件平亂後,天后宮建廟,清光緒皇帝所賜贈「靈昭誠佑」匾額,以表其功。
清光緒14年(西元1888年)大莊事件官兵被圍攻,水源斷截,相傳提督張兆連求告媽祖,隨後顯靈挖到水源,事件後乃在井邊設「靈泉井碑」,以為紀念。