六堆天后宮在清嘉慶8年（西元1803年）創建，是六堆最早興建的媽祖廟，百年來在六堆的民間信仰中享有崇高地位。這座媽祖廟與區域發展有著緊密的關係，廟內保存的〈奉憲封禁古令埔碑〉是族群關係與地方史的重要史料，而清代每當六堆出兵皆是在六堆天后宮誓師，媽祖柔和且具母性特質的象徵，成為出征者與地方居民祈求生活安定的對象。
歷經清代幾次修建後，目前屬於兩落帶拜亭之建築格局，拜亭位於三川門與正殿之間，拜亭的兩側附有龍、虎天井，這種空間組構使廟內形成連貫性的空間，是臺灣南部廟宇常見的做法。日治大正2年（西元1913年）重修時，在左側增建廂房，使得廟宇與左鄰的昌黎祠相連，形成今日所見的廟貌。
六堆天后宮主祀天上聖母，「六堆」之名源自清康熙60年（西元1721年）朱一貴（西元1690-1722年）及杜君英（西元1667-1721年）民變，事件擴大擾及屏東一帶的客家聚落，地方人士組織義勇負責維護地方安寧，事件過後仍維持團練，演變成先鋒堆、前堆、後堆、左堆、右堆、中堆，於是「六堆」成為客家族群、聚落之概念性統稱。六堆天后宮所在的內埔鄉屬於後堆的範圍。
清朝嘉慶年間，蔡牽（西元1761-1809年）騷擾臺灣南部，連帶的影響到六堆居民的生存安全，鍾麟江（西元1757-1829年）從廈門轉往湄州分靈媽祖香火來臺，經由六堆居民與各個嘗會（祖先的祭祀公業）、神明會共同捐款，在清嘉慶8年（西元1803年）興築天后宮，清嘉慶10年（西元1805年）廟宇落成，媽祖信仰在蔡牽之亂中成為穩定人心的力量，天后宮發展為六堆民眾集體信仰中心，因而廟名冠上「六堆」，而稱為「六堆天后宮」。
該廟自創建以來即在六堆享有崇高的信仰地位，歷次修建皆有六堆各聚落參與。清道光28年（西元1848年）建築已呈現老舊傾圮狀。六堆各聚落遂推舉鍾桂齡（生卒年不詳）主持重建，工程於隔年10月開工，清咸豐元年（西元1851年）12月竣工，這次重修大致維持原有格局，未有太大改變。
日治大正2年（西元1913年）再次進行修建，這次重修在主體建築左側增建廂房，使得六堆天后宮與昌黎祠相連。日治末期受到宗教政策的影響，神像被迫遷出，直到戰後才迎回奉祀。
六堆天后宮的方位坐北朝南偏西，平面布局屬於兩落帶拜亭、廂房之建築格局，兩落即三川門與正殿，拜亭位於三川門與正殿之間，拜亭的兩側附有龍、虎天井，這種空間組構使兩建築之間藉由拜亭作聯繫，形成連貫性的空間，是臺灣南部廟宇常見的做法。
六堆天后宮的構造為擡樑式構造及硬山擱檁承重牆系統混合，三川門面寬三開間，前後用四柱，前檐口柱為石雕龍柱，外檐裝修落在前金柱邊，立面採用板門與隔扇的組合，入口作三門，中門繪龍，右門繪文官，左門繪武將，點金柱架內採二通二瓜疊斗式，屋頂採雙坡水硬山單檐翹脊式屋頂，屋脊為三川脊，屋面鋪設筒板瓦。
正殿做不裝設門扇之敞廳式，前後用4柱，檐口柱為石雕龍柱，中央點金柱棟架架內做法是通樑上用斗座草，上承方斗，斗上再接童柱，童柱承楹，這樣的做法近似潮汕地區的屋架做法，屋頂採雙坡水單檐翹脊式屋頂，屋面鋪設素燒筒板瓦，正殿的步口經由過水門可通往左廂房。
正殿的內檐裝修最主要是表現在供奉神像的神龕與牌樓看架，神龕位於後點金柱之間，神龕內供奉尺寸巨大的鎮殿天上聖母神像，正殿的次間作磚砌方臺，左次間供奉註生娘娘與婆姐，右次間供奉福德正神，左廂房供奉觀音佛祖。
六堆天后宮的歷史悠久，是六堆客家地區重要的信仰廟宇，百年來保存許多文物，這些留傳下來的珍貴文物，可以做為研究區域發展史最具體而重要的史料，尤其是鑲嵌在三川門的〈奉憲封禁古令埔碑〉。古令埔是指今日屏東縣萬巒鄉五溝水東北方，原是馬卡道族的土地。清嘉慶年間時漢人搶奪土地水源，嘉慶20年（ 西元1815年）鳳山縣府立碑嚴禁漢人入墾。碑文具歷史意義，日本政府於日治昭和10年（西元1935年）12月5日將石碑依《史蹟名勝天然紀念物保存法》列為國家級史蹟，名稱為「民蕃境界古令埔碑」。
清嘉慶20年（西元1815年）鳳山知縣吳性誠（生卒年不詳）所獻「河清海晏」匾
六堆天后宮的香爐置於墊爐石上方，這種做法保存客家古老風俗，在臺灣廟宇中較為少見。
三川門、拜亭、正殿的棟架雖是各自獨立的系統，但之間以劄牽梁相互連繫，使三川門、拜亭、正殿形成連貫性的空間。
鑲嵌在三川門的〈奉憲封禁古令埔碑〉，日治時期列為國家級史蹟，照片為石碑現況。