位於福和橋下、座落於新店溪畔、倚靠虎空山(蟾蜍山支脈,標高80公尺,文獻中昔稱為拳山,今日也被稱為小觀音山)而建的寶藏巖,為臺北最古老的佛寺之一,因靠山崖而建,故稱為「巖」。寶藏巖是一座佛道兼容的觀音寺,主祀觀音佛祖,兼祀有釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩、文昌帝君、關聖帝君、天上聖母、城隍爺、土地公、註生娘娘、彌勒佛、地藏菩薩、開山祖師大德、檀越主等神佛;曾經是文山地區的公廟,也是本地區泉州安溪移民的信仰中心,更是安溪人開拓古亭、公館、及景美一帶的歷史見證。
17世紀康熙年間,清朝打敗明鄭,正式統治臺灣,移民陸續來到臺灣;其中有少部分移民沿著新店溪上岸,在現今臺北市公館、景美一帶登陸並進行拓墾。多數的文獻中,都引用清同治年間出版的《淡水廳志》卷十三古蹟考寺觀中所載,認為寶藏巖正是由康熙時期移民者之一的郭治亨(生卒年不詳)及其子所興建,並將寶藏巖的創建年代定為康熙年間中葉,約是17世紀晚期。然而依據殿中清嘉慶3年(公元1798年)監生游大川(生卒年不詳)所立之「觀音亭碑」的碑文記載,加上拓墾史研究指出寶藏巖一帶所屬之林口庄直到清雍正7年(公元1729年)才開始被較具規模的拓墾開發,公館庄的拓墾則是在更晚一點的清乾隆30年代(公元1770年代)進行。由於拓墾後推估約需累積20 年,才有較充足的人力物力可能建廟,目前已有部分學者認為《淡水廳志》記載正確的解讀應是康熙時代渡臺的郭治亨在乾隆年間興建該廟,只是年月失考。寶藏巖的創建年代應較接近碑中所記之乾隆56年(公元1791年)前,後來再由立碑人監生游大川(生卒年不詳)捐出水田租穀收成作為長年香燈供奉。
日治初期的明治30年(公元1897年),寺方曾申請加入日本佛教的淨土宗,並於大正2年(公元1913年)改名為寶藏寺。到了大正15年(公元1926年),由基隆月眉山靈泉寺(承接延續福州鼓山湧泉寺的體系)德馨法師(生卒年不詳)正式就任住持後,寶藏巖逐漸轉向曹洞宗,寺務也日益興旺,甚至成為當時期的曹洞宗名剎之一,極盛時期的信徒及門人不下千人。
由於地勢與地理位置,日治時期的寶藏巖曾設有高炮部隊,山麓南岸也有數個儲藏彈藥的地下碉堡與駐軍兵臺;國民政府遷臺後,更成為臺北北區司令部的軍事要地;隨之而來的管制,讓信徒難以出入,寶藏巖寺務趨近停頓。戰後寶藏巖地區軍事管制的解除,於民國57年(公元1968年)重新正名為「寶藏巖」,並於民國62年(公元1973年)重修。民國70年(公元1981年)與85年(公元1996年)的整修與慶成建醮活動,也間接顯示了寺方信仰活動的持續發展。
民國63年(公元1974年),寶藏巖曾被列為重要古蹟,後因整修失去古風,而被取消資格;直到民國86年(公元1997年),才又被臺北市政府登錄為市定古蹟。
寶藏巖的建築方位為座東北朝西南,建築格局則是單殿配左右護室,風格上混雜了傳統閩南風格與中國大陸北方宮殿式建築風格。正殿入口為捲棚式步口簷廊,上刻有雙獅斗座;正殿中門的石柱及石窗,均為清代古跡,尤其是歷史悠久的褵虎石窗,為清道光3年(公元1823年)雕製,雕工細緻,造型古樸;步口廊上的托木雕作、左右兩側牆上的龍虎堵彩繪、和石堵上的麒麟石雕及抱鼓石,也都值得細看。
因寶藏巖歷年來的擴建與整修都缺乏類似傳統大木匠師的設計概念與修建過程之統整調和,多是由小規模的土木包工分批或分階段施工,使得其施作工法與構件風格呈現混雜或拼貼的狀態,並常有將舊有不同時期之構件重新分散鑲嵌在翻建部分的狀況。然而,這也塑造了寶藏巖最令人印象深刻的建築特色─「廟中廟」,亦即以多層樓之新廟體將單層樓之舊廟體完全包覆在內,爬上樓即可近距離欣賞舊廟體的屋頂雕飾。
現在的寶藏巖寺廟仍保有清代建築特有的長廊木結構,古物則有乾隆辛亥年間(公元1791年)的石柱、和道光年間的多對楹柱;仍清晰可識的楹聯共有13幅,從落款可見且多為清代泉州、安溪等地移民信眾所獻。但較具歷史性的古匾,則僅剩日治時期的「寶藏巖」(民國10年)和「註生殿」(民國22年)2方匾額。
而最具歷史價值的古物,要算是寶藏巖正殿內左邊壁面保存的清嘉慶3年(公元1798年) 由監生游大川所立之「觀音亭碑記」,或稱寶藏寺佛祖香燈碑記、游大川香田碑記。材質為觀音山石,原碑無題,額刻彤日祥雲紋飾;碑文內容主要為清代嘉慶年間信徒捐置田業以供奉觀音佛祖香燈的記事,並說明寺由始末、捐獻源由、和捐獻租榖之水田界址等;道光年間,其孫游觀瀾又再捐香燈谷三石,同樣刻載記錄於此碑之上。寺中所供奉的黑面土地公,則是用整塊黑色岩石雕刻而成,也是相當具有特色的文物。
在寶藏巖的寺前和側面入口,還有一些日治時期信徒奉納而保存至今的日式石燈座,部分可見「昭和十四年」的刻文;寺內也還留存刻有「臺北觀音亭大正辛酉年造住持德馨領眾立」等字樣的金屬飾牌,都顯示著寶藏巖觀音信仰在日治時期的持續。
寶藏巖的正殿主祀觀音佛祖,一年當中主要的慶典有每年農曆2月19日寶藏巖觀音佛祖的聖誕之日,許多附近民眾都會前來敬拜答謝;而觀世音菩薩的成道紀念日(農曆6月19日)和出家紀念日(農曆9月19日)、以及釋迦摩尼佛之浴佛日(農曆4月8日),也都會有較正式的祭典活動。昔日寶藏巖信徒廣佈,涵蓋大安、景美、木柵、南勢角等地區;每逢這些地區的廟宇舉行慶典,搬演酬神戲時,信眾也都會到寶藏巖迎請觀音佛祖金身前往參與。如今因為時代和社會文化的變遷,或是因為歷史過程中曾遭遇的經營管理問題,現在寶藏巖的慶典規模已不若往昔。
在寶藏巖的寺前和側面入口,還有一些日治時期信徒奉納而保存至今的日式石燈座,部分可見「昭和十四年」(公元1939年)的刻文。
經過道光3年(公元1823年)、日治時期、戰後至今幾次整修,現在的寶藏巖寺以「廟中廟」的形式存在,將舊廟包覆在新建築體之中。
「巖仔」所祀的觀音常配祀善才、良女,壁上也常雕刻十八羅漢奉祀。