依中華民國73年2月22日頒行之文化資產保存法綜合評定之具歷史文化價值。其為縣內現存校園3座神社之一,與其他兩座不盡相同,具稀有與特殊性。校園神社為教育史一環。
鹽水國小神社建於日治晚期(1930年代),與原臺南縣內創校最早、已超過百年歷史的鹽水國小校園,形成1個歷史建築的文化園區。鹽水國小校內神社位於校門右邊的玉順館後面,前身是嘉義國語傳習所鹽水港分教場,設立於明治31年(公元1898年)7月1日,原址於現今鹽水郵局。同年10月1日則改為鹽水港公學校。明治38年(公元1905年)年新校舍遷來現址。並於大正10年(公元1921年)改稱鹽水公學校。昭和年間,隨著中日間戰爭的爆發,日本開始實施殖民地的同化政策,以期將臺灣人民改造為帝國的皇民。在各地興建神社以推行日本神道教即為此「皇民化」運動一重要措施。昭和15年(公元1940年),恰為日本由初代神武天皇起計的「皇紀」2600年,總督府大力推動建立神社。當時的鹽水公學校校長一之瀨涉(一ノ瀨涉,生卒年不詳)亦因應總督府推行,在學校內建造神社。
此一簡易小神社,神殿內奉祀天照大神。當時神社在地方上影響力並不深遠,僅在校園中發揮其功用。首先最重要的便是師生每日參拜,因其設置於校門口旁,故師生每天進出校門皆須朝其方向敬禮。其次,學生尚需負責神社環境的整潔,如鄰近草皮的修整。第三是重要節日或學年末,校園內皆舉辦遊藝會師生同樂,在神社前跳舞。學生畢業前也會在神社前拍攝畢業照留念。
每逢開學典禮時,全體師生會固定前來參拜,並聆聽日本天皇的「教育敕語」。「教育敕語」是明治維新初始時由天皇所頒佈,將其謄本下賜各級學校,作為新政府的國家主義式教育理念。一般先收納於箱櫃內,稱之為「奉安箱」、「奉安櫃」或「奉安庫」,需安置於校長室內或安全處。目前此「奉安庫」尚保存於校園內,但內部並無任何「教育敕語謄本」保留下來。
戰後臺灣各地的神社或遭拆毀或被改建。戰後第1任校長陳庚潭(生卒年不詳)於任內將神社改建成傳統閩南式之孔廟,以宏揚尊師重道之精神,並整理週遭環境,強調校方對「獎學」之重視。到了公元1960年代,進行第2次改建,不僅將門扇雕以華麗的裝飾,更懸上「大成殿」匾。正殿本體漆上藍色與紅色。民國56年(公元1967年),鹽水港公學校之校友黃朝琴出任「鹽水國校七十週年校慶大會」會長,於孔廟旁劃設專區以立「故校長森榮先生紀念碑」,紀念鹽水港公學校第3任校長森榮(生卒年不詳)先生;雖然已稱大成殿,但其內並未供奉孔子神像也沒有在此進行祭典儀式,直到民國62年(公元1973年)政府推行中華文化復興運動,才配合響應而規定應屆畢業生在畢業前到此致敬。民國83年(公元1994年),甫任臺南縣議會議長的鹽水國小校友連清泰,撥款補助鹽水國小整修校內景觀。擴大了大成殿基座外圍並鋪上磁磚,以及將「故校長森榮先生紀念碑」移置於原石燈籠處,同時於另一側增設另1位在任內病逝的校長「故校長趙東林先生紀念碑」。
民國94年(公元2005年),鹽水國小神社獲登錄為臺南縣歷史建築物。而為了修復年代久遠已顯殘破的建築,臺南縣政府於民國96年(公元2007年)1月5日召開「歷史建築鹽水國小神社修復方向研商會議」,決定在恢復神社樣貌的同時,盡可能保留孔廟建築的意象,之後由臺南市文化局補助168萬元,家長委員會出資18萬6千元修復「神殿」。由張義震建築師事務所設計監造,慶洋營造有限公司施工,除保留建築及裝飾未損毀部分,門楣上方重置「歲寒三友」雕花乙楨,寓意「做人要有品德、志節」;上方門堵左右重置1對「魚躍龍門」雕花,寓意「期勉師生努力向上」,民國97年(公元2008年)6月25日落成。民國99年(公元2010年)高雄甲仙大地震後,神社石燈部分斷裂,現已修復。
鹽水國小神社座東朝西,與日治初期因襲日本本土神社座北朝南的配置略有不同,其建築規模配置為日本正式神社的簡化版本。神社本體規模很小,立於1個基座之上,基座前方有一小段參拜道,在基座階梯入口左右各有1矮門柱,需爬上數階才會到神社的基座上。原建築群由「神殿」、「神明鳥居」、「參拜道」、「石燈籠」等組成,此神社雖在神道教「社格」(依照神社歷史及地理重要性排定之等級,如臺南開山神社為『縣社』;臺南神社為較高的『官幣中社』)中只是最小的「無格社」(登記在案公認存在但無特殊社格),但建築布置仍具體而微。
當年的皇民化運動措施目標為「強化國民意識」,不僅以神社建築作為神道教的標誌,也在晨昏敬禮與開學的誦念天皇所頒佈的教育敕語這些行為儀式上展現。在戰後雖然改為孔廟,但藉由參拜道及高起的小丘所塑造出的神聖空間仍延續著。而改為大成殿之後,原神殿中仍無供奉神像,恰與過往神道教不奉祀神像不謀而合。這與神社是位於學校內的建物,終究不是獨立而純粹的宗教空間,有著不可分的關連。
在臺南市尚存3個校內神社中,鹽水國小神社和安定區南安國小的神社樣子較類似,新化區新化國中於日治時期為新化尋常小學校,當年設置的是「御真影奉安殿」,建物經過多次遷徙。3者中以鹽水國小保存的樣貌最是完整,其週邊環境以小神社與老榕樹為主體,形成1個小型文化園區。
隨著日治時期結束與歷經數次重建,鹽水國小神社的功能也產生轉變。今日畢業生們至神社所做的已不再是敬拜天照大神,而是放置充滿回憶與期許的時空膠囊,在原本的空間中也創造出了新的意義。鹽水國小神社具稀有與特殊性。校園神社為教育史一環,鹽水國小神社雖然經過多次變更用途,但仍具有教育、文化、社會價值及歷史意義,也是當地居民重要的記憶空間。
民國56年(公元1967年)所立之「故校長森榮先生紀念碑」,紀念鹽水港公學校第3任校長森榮(生卒年不詳)先生。
神社門堵左右重置1對「魚躍龍門」雕花,寓意「期勉師生努力向上」。
神殿基座前方有1小段參拜道,在基座階梯入口左右各有1石燈籠,需爬上數階才會到神社的基座上。參拜道前有「神明鳥居」,建築布置具體而微。