依「文化資產保存法」,確認其有具歷史、文化、藝術價值及保存價值。
水仙宮位於嘉義縣新港鄉南港村,地處嘉義縣和雲林縣的交界處。清代乾隆以前,笨港為臺灣中南部重要的貿易港口。據載,明天啟元年(公元1621年)顏思齊入臺灣,以笨港為據點,建立十寨。由於開發較久,物產豐富、有餘力外銷;人口眾多,也需向外購買生產工具和高級消費用品,笨港故得以迅速發展。當地郊行(郊為臺灣清領時期的商業公會組織)林立,最大者為經營笨港─泉州間貿易的泉州郊、經營笨港─廈門間貿易的廈門郊,以及經營笨港─龍溪間貿易的龍江郊。除此之外還有糖郊、米郊、雜貨郊、布郊、水郊、油郊等等。
雍正至乾隆中葉,是笨港地區發展最速時期,笨港街肆隨人口大量增加而不斷擴展。笨港街以人口眾多被劃分為南、北二保,北街屬大槺榔東保,南街屬打貓西保,對外仍合稱笨港街。其繁榮景況,除臺灣府城外,沿海城市無出其右者。貿易興盛,同時也有各種貿易上的問題─像是商品價格的訂定、度量衡的標準和公共秩序的維護等等─需要解決,笨港三郊在乾隆4年(公元1739年)時,創建水仙宮為公所,處理闔港有關問題,祀水仙尊王。乾隆45年(公元1780年),貢生林開周(生卒年不詳)倡議募資重建,目前宮內仍存有乾隆庚子年款的泉州白石龍柱1對,即可為證。
嘉慶年間,笨港溪(今之北港溪)氾濫,沖毀原有市區,水仙宮、協天宮皆遭水難。嘉慶19年(公元1814年),水仙宮重建於今日南港村現址上,格局為兩進兩廂,部分構件仍沿用乾隆年間的原物。
道光28年(公元1848年),水仙宮增建後殿,奉祀關聖帝君,道光30年(公元1850年)時廟成,立《重修水仙宮碑記》。水仙宮的重建由笨港三郊主導,從三郊所捐款項,可見三郊的經濟實力,其他捐款者還包括了官員、士紳、行郊、商戶和各澳寶舟等。
後來水仙宮直到民國37年(公元1948年),才又進行一次整建工程,修建前後殿,並增建忠義亭、治水亭,於民國39年竣工。民國69年(公元1980年)和71年(公元1982年),兩廂相繼改為兩層鋼筋混凝土結構的香客大樓。民國74年(公元1985年),水仙宮經內政部核定為2級古蹟。民國79年(公元1990年),水仙宮主體建築部分展開修護工程,於民國81年(公元1992年)完工。
臺灣在清代初期,在幾個主要的口岸,陸續興建水仙宮。清代臺灣水仙宮所奉祀的水仙尊王,有以單獨1尊,主要奉祀大禹,其治水英雄和帝王地位兩者相結合,成為水神中崇高的保護者;也有5尊並祀的情況。
新港水仙宮奉祀5位水仙尊王,分別是大禹、屈原、伍子胥、項羽和魯班,其生死或受人稱揚的事蹟皆與水有密切關聯。特別的是,新港水仙宮除了5位水仙尊王外,另有「羿善射尊者(后羿)」和「奡(音同奧)盪舟尊者(奡)」分立於兩旁。
新港水仙宮的建築規模為三進四殿兩護龍,四殿分別為三川殿、拜殿、正殿,以及後殿。在水仙宮中,可以看到豐富的木雕和彩繪,尤其是木雕題材除了常見的鰲魚、獅子、鳳凰和花鳥外,較罕見的是大象和龍。而牆壁仍見早年遺留的影塑,相當罕見,其中彩繪係完成於名家陳玉峰(1900-1964)之手,也是國內保存陳玉峰彩繪中,樣式最多、最完整的寺廟。新港水仙宮的門神彩繪即由陳玉峰主筆,分別施作在三川殿明間和左右次間的6片門扇上,明間門神左繪秦叔寶、右畫尉遲恭,左右次間繪有屬呈祥納福之類的4名太監。施作於前天井、拜殿、正殿和後天井等共13幅的灰泥壁彩繪,可說是新港水仙宮中極具代表性與特色的裝飾藝術,亦由陳玉峰主筆完成,部分作品則於民國79年(公元1990年)的重修工程中,進行仿作修復。施作於前過水廊龍邊和虎邊壁面、拜殿龍邊及虎邊壁面、正殿龍邊和虎邊壁面、正殿後牆面外側、後過水廊龍邊和虎邊壁面等處的11幅作品,是以堆塑加上彩繪技法施作而成,一般壁畫以平面方式施作,新港水仙宮的壁畫則是結合三度空間的泥塑與二度空間的彩繪,以半立體方式表現,自頭部到腳部由立體漸變成平面,此種表現技法又稱影塑。後殿則有平面彩繪作品「南極星輝」和「瑤姬獻壽」。
三川殿的牆上嵌有1座石碑,為後殿完工後所立,此碑記有各種開支項目,以及捐獻者的行號、船號和姓名。宮內也存有早年遺留文物,如道光己酉年款、由泉郊金合順、廈郊金正順所捐的石香爐1件,以及多面署有嘉慶年、咸豐年與光緒年款的木匾。同時,新港水仙宮各部分構件涵蓋乾隆、嘉慶、道光和二戰後初期等不同年代的材料,是研究臺灣傳統廟宇的珍貴個案。
水仙宮彩繪係完成於名家陳玉峰(1900-1964)之手,也是國內保存陳玉峰彩繪中,樣式最多、最完整的寺廟。
新港水仙宮的壁畫則是結合三度空間的泥塑與二度空間的彩繪,以半立體方式表現,自頭部到腳部由立體漸變成平面,此種表現技法又稱影塑。
新港水仙宮奉祀大禹、屈原、伍子胥、項羽、魯班,這五位尊王生死或受人稱揚的事蹟皆與水有密切關聯。