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清康熙20年（西元1681年）福建水師提督施琅（西元1621-1696年）率兵攻克臺灣，清廷為表彰而封其為靖海候，更在澎湖興建施將軍廟做為施琅的生祠，原址在舊稱媽宮澳東街，與海壇館為鄰。
清道光12年（西元1832年）之後的施將軍廟除了供奉施琅之外，兼入祀武職亡故者的神主牌，因而改廟為祠，今日的施公祠是日大正3年（西元1914年）廟地遭到日本政府徵收，施公祠與海壇館一同遷入原屬海壇標兵的伙房，由施琅部屬之後代項秀明（生卒年不詳）重建。
施公祠斜前方的古井為萬軍井，關於萬軍井的由來眾說紛紜，相傳施琅率兵前往攻打臺灣時，為了解決數萬兵馬飲水之急，用寶劍戮地成井，並藉此凝聚清兵的作戰意志。
發展源流
施公祠原稱施將軍廟，所祭祀的施公即是施琅，原廟位於媽宮澳東街，與海壇館為鄰。清道光12年（西元1832年）《澎湖續編卷上．地理紀．廟祀》指出，施將軍廟是「施琅平臺有功，封靖海侯，官民建祠祀之」，是施琅仍健在時所建的一座生祠。
嗣後，通判蔣鏞查在澎奉差因公遭風歿於王事者，皆無專祀，所以籌捐銅錢三十二千文，發交鹽館生息；又籌捐銅錢四十千文，移營生息，附祭各木主於此以報之。施將軍廟在清道光23年（西元1843年）重修，這次重修由海壇右營戍澎各隊目兵丁等人集資，在祠廟內嵌入「重修施公祠碑記」，從石碑內容可以知道清道光23年（西元1843年）施將軍廟就已改為施公祠，而從施公祠內供奉的神主牌位，推測清道光12年（西元1832年）之後，施將軍廟不再做為施琅的專祠，而兼入祀武職亡故者的神主牌，因而改廟為祠。
日大正3年（西元1914年）施公祠的廟地遭到日本政府徵收，施公祠與海壇館一起遷入原屬海壇標兵的伙房，由施琅部屬之後代項秀明重建，於民國59年（西元1970年）重修。
施公祠外側右前方有一口井，原本名稱媽宮大井，爾後又有萬軍井、施井、大井、師泉井之稱，關於萬軍井的由來眾說紛紜，有加以附會成施琅為了解決數萬兵馬飲水之急，以寶劍戮地成井，並藉此凝聚清兵的作戰意志。
主要特色
施公祠主體建築的基本格局為傳統三合院配置，平面布局屬於單落兩廂帶拜亭之建築格局，以正殿為主，拜亭位於正殿前方，兩側配以護龍，正殿和護龍圍起內埕空間，護龍之間建造高聳的院牆，院牆開闢院門與磚砌八角窗，院門上方有門額，門額內書寫「施公祠」，門旁對聯「施門心路史家論；公廟威儀菊島瞻」，穿過院門後是內埕，院牆與院門界定出施公祠內外空間。
建築構造是由承重牆體和木構架所混合構築而成，民國59年（西元1970年）重修時加入R.C構造，施公祠的四面牆面皆由密實的承重牆體所圍繞，使得室內空間顯得封閉，厚重的牆體是使用咾咕石與碎紅磚混砌而成，並以灰漿粉飾表面。
正殿面寬三開間，構架是由四根R.C點金柱所構築而成前後用二柱，後二柱之間設置神龕，神龕內主祀施琅神像，配祀五帝爺、天上聖母、海壇城隍等祀神，供桌兩旁供奉謝將軍與范將軍神將，謝將軍的顏色為綠色，不同於臺灣本島常見的白色，是受福州神將所影響，正殿的右側牆前供奉數座清代的神主牌位。
施公祠內尚保存與海壇館有關的文物，主要有清道光15年（西元1835年）澎湖水師協副將詹功顯（西元1779-1854年）所獻的「寰海皆春」，匾額的年款「道光十五年歲次乙未葭月吉旦」，題記為「護福建澎湖水師副總兵官詹功顯敬立」，以及日明治31年（西元1898年）由海壇鎮將兵後人所獻的「福曜海山」。
萬軍井位於施公祠斜前方，其井三邊皆是房舍，整體環境相當狹隘，萬軍井於地平面下的井身是由卵石與清水磚構築而成，地平面上的井口是由紅磚與沙漿疊砌而成。
日明治31年（西元1898年）海壇鎮將兵後人所獻的「福曜海山」匾
清道光15年（西元1835年）澎湖水師協副將詹功顯所獻的「寰海皆春」匾
施公祠祀神像；施公祠原稱施將軍廟，所祭祀的施公即是施琅。
清道光22年（西元1842年）大媽宮天后娘娘香油公石碑
文獻資料
- 1.閻亞寧（1993）。澎湖施公祠及萬軍井之研究與修護計劃。澎湖：澎湖縣政府。
- 2.經濟研究室（1958）澎湖續編卷上．地理紀．廟祀。臺灣銀行。
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